Jej nazwisko stało się głośne w 2003 roku przy okazji afery Rywina – w Prokuraturze Krajowej nadzorowała śledztwo w tej sprawie. Z przekazów medialnych wynika, że śledztwo było prowadzone pod naciskiem przełożonych. Jako przykład podawano fakt, że przed przesłuchaniem ówczesnego premiera Leszka Millera Danuta Bator prokuratorom, których nadzorowała, przedłożyła listę pytań, jakie należy zadać przesłuchiwanemu premierowi Leszkowi Millerowi. Po tym wydarzeniu z pracy w prokuraturze zrezygnowała Wanda Marciniak, która współprowadziła śledztwo w sprawie Rywina.
Przed komisją śledczą, zeznała że nie mogła dalej pracować w prokuraturze, bo nie podobały jej się metody pracy, z którymi zetknęła się w Wydziale II Prokuratury Apelacyjnej.
Zeznała również, że podczas spotkania prokuratorów przed przesłuchaniem premiera Leszka Millera prokurator Bator „wyjęła jedną, może dwie kartki, dając je pani prokurator, mówiąc, że na tych kartkach wynotowała pytania, które trzeba zadać panu premierowi”. Odpowiadając na pytania posłów, czy uczestniczyła kiedyś w takiej sytuacji, że prokurator Prokuratury Krajowej przedstawia prokuratorowi referentowi pytania do zadania ważnemu świadkowi, Wanda Marciniak stwierdziła, że nigdy się z tym nie spotkała.
W 2003 roku Danuta Bator awansowała - została pełniącą obowiązki dyrektora Biura do Walki z Przestępczością Zorganizowaną w Ministerstwie Sprawiedliwości. Rok później została powołana na stanowisko prokuratora Prokuratury Krajowej i równolegle na wicedyrektora Biura Postępowania Sądowego w Prokuraturze Krajowej. Tę funkcję pełni do dzisiaj.
W książce pt. „SB a Lech Wałęsa. Przyczynek do biografii.” Sławomir Cenckiewicz i Piotr Gontarczyk opisali rolę prokurator Bator w śledztwie dotyczącym usunięcia dokumentów z teczki Lecha Wałęsy.
„Kluczową rolę odegrała tu „Notatka informacyjna” sporządzona przez naczelnika Wydziału I Prokuratury Krajowej prokurator Danutę Bator. Dokument stał się podstawą do narzucania konkretnych rozwiązań śledztwa /…/ Zachowane dokumenty archiwalne pozwalają na wysunięcie hipotezy, że celem wspomnianego nadzoru nad śledztwem V Ds. 177/96 było głównie utrudnienie wyjaśnienia wszystkich istotnych okoliczności sprawy, a w szczególności roli Lecha Wałęsy w usunięciu dokumentów /…/ konsekwencją było zapewnienie mu bezkarności , mimo zebrania dowodów pozwalających na skierowanie przeciw niemu aktu oskarżenia.”
W książę została zamieszczona wspomniana notatka autorstwa prokurator Danuty Bator. Nadzorowała ona śledztwo, w którym postawiono zarzuty Andrzejowi Milczanowskiemu, Jerzemu Koniecznemu i Gromosławowi Czempińskiemu.
(…) Zarzuty sformułowane zostały w sposób mało precyzyjny (…) W mojej ocenie decyzja o umorzeniu śledztwa w stosunku do Andrzeja Milczanowskiego, Jerzego Koniecznego i Gromosława Czempińskiego jest trafna (…) - napisała prokurator Bator.
Ostatecznie to śledztwo – zgodnie z jej opinią, zostało umorzone.
Kolejna głośna sprawa, w której pojawiło się jej nazwisko dotyczy uprowadzenia i zabójstwa biznesmena Krzysztofa Olewnika. Danuta Bator nadzorowała to śledztwo latach 2002-04, czyli wtedy, gdy błąd gonił błąd. Jak ocenił publicznie członek komisji poseł Andrzej Dera, „nadzór nad tym śledztwem był fikcją zaś aktywność prokurator Danuty Bator sprowadzała się do pisania pism do zastępcy prokuratora apelacyjnego z prośbą o informację o aktualnym przebiegu śledztwa”.
Po rozdziale ministerstwa sprawiedliwości i prokuratury generalnej prokurator Danuta Bator otrzymała zaszczytny tytuł prokuratora Prokuratury Generalnej. Aktualnie pełni funkcję zastępcy dyrektora Departamentu Postępowania Sądowego.
