W muzeum przedstawiano niemiecką wizję II wojny światowej, narzuconą przez Władysława Bartoszewskiego i Normana Daviesa. Efekt był taki, że np. rtm. Witoldowi Pileckiemu poświęcono zaledwie dwa legitymacyjne zdjęcia i cztery zdania, w ciemnym zaułku obok hydrantu było zdjęcie Ireny Sendlerowej, o św. Maksymilianie Kolbem nie wspomniano ani słowem, a o martyrologii polskiego duchowieństwa zwiedzający nie dowiedział się niczego.
Wrażenie robiła sala, w której pokazano Holokaust, a w niej olbrzymią ścianę, na której uwidoczniono setki fotografii zamordowanych Żydów, i kolejną z setkami walizek.
Prezes PiS Jarosław Kaczyński parę lat temu ocenił, że MIIWŚ było "swoistym darem Donalda Tuska dla Angeli Merkel i służy niemieckiej polityce historycznej". Dlatego też zmian, jakich dokonał w muzeum dr Nawrocki, zwolennicy Tuska nigdy mu nie darują.
