Olejki eteryczne zawarte w roślinie stymulują wydzielanie żółci i soków trawiennych oraz pobudzają perystaltykę jelit. Dzięki temu koper łagodzi niestrawności i wzdęcia. Podawany jest też w postaci herbatek niemowlętom w przypadku kolek.
Wyciąg z kopru zmniejsza stany zapalne stawów, a także łagodzi ból stawów towarzyszący reumatoidalnemu zapaleniu stawów, bóle brzucha i bóle menstruacyjne.
Koper ma właściwości antyoksydacyjne - zwalcza wolne rodniki, obniża stężenie cholesterolu LDL oraz trójglicerydów oraz poziom cukru we krwi. Jest bogaty w wiele witamin, w tym kwas foliowy, ryboflawinę, niacynę, witaminę A, beta-karoten, witaminę C. Jest dobrym źródłem minerałów, takich jak miedź, potas, wapń, mangan, żelazo i magnez.
Roślina znajduje szerokie zastosowanie w kuchni. Wykorzystywane są zarówno świeże, jak i suszone liście kopru. Świeże, posiekane liście kopru używa się jako dodatek do zup i chłodników, twarożków, jogurtów, masła i kefirów, ziemniaków, ryb, drobiu, zapiekanek, makaronów oraz surówek. Koper może być też składnikiem marynat. Można nim również wzbogacać potrawy z jajek. Łodyga wraz z kwiatem kopru jest stosowana do przyrządzania pikli i ogórków kiszonych.
