Hetman Jan Zamojski wydał 3 kwietnia 1580 roku w Jarosławcu akt lokacyjny nowego miasta – mającego być potężnym ośrodkiem i centrum władzy Zamojskich – „Zamoście nad Wieprzcem”. Zaprojektował je, wraz z potężnymi fortyfikacjami, włoski architekt Bernardo Morando, który na polecenie Zamojskiego wybrał też najdogodniejszą lokalizację na skrzyżowaniu dwóch ważnych szlaków handlowych: z Lublina do Lwowa i z Rusi przez Sandomierz do Krakowa. Ze spiętrzenia dwóch niewielkich rzek utworzono zalew zabezpieczający miasto i będący jednocześnie zasilaniem wodnym dla głębokich fos okalających mury.
Mury i bastiony mierzyły 2500 metrów, a umocnienia te uzupełniały: arsenał dobudowany w roku 1582, bramy – Lubelska, Lwowska i Szczebrzeska. Całość prac fortyfikacyjnych dokończył w 1618 roku wybitny artylerzysta i fortyfikator wenecki Andrea dell’Aqua. Twierdza miała kształt siedmioboku z 7 bastionami na narożach, oddalonymi od siebie o około 200 m (taki był zasięg ówczesnej artylerii).
Kiedy na Rzeczpospolitą uderzyły wojska szwedzkie, Jan II Zamojski na początku próbował układać się z najeźdźcą i dopiero pod koniec roku 1655 zdecydował się na poparcie Jana Kazimierza. Na odzew króla szwedzkiego nie musiał długo czekać – na Lublin ruszyła armia feldmarszałka Douglasa, która stanęła pod Zamościem 25 lutego. Wkrótce dołączył do niej także Karol Gustaw. Mimo tygodniowego ostrzału murów Szwedzi nie wyrządzili zbyt wielkiej szkody i musieli od oblężenia odstąpić. Zamość – obok Jasnej Góry, Łańcuta i Gdańska – okrył się sławą niezwyciężonej twierdzy.
.