Monumentalne, nawet do 12 m wysokości, witraże umieszczone są w strzelistych, gotyckich oknach kaplic otwartych do naw bocznych oraz w oknach prezbiterium. Przedstawiają wyobrażenia Trójcy Świętej, zwycięskiej Matki Bożej, epizody z Ewangelii – np. Pokłon Trzech Króli, Apostołów, świętych otaczanych we Fryburgu szczególnym kultem oraz sceny z dziejów tego miasta.
W sceny figuralne wplecione są fragmenty architektury i pejzażu, oraz przetworzone motywy roślinne. Tworzone przez lata witraże, odzwierciedlają artystyczne przemiany w sztuce swego czasu – od schyłku historyzmu, poprzez kolejne fazy secesji (kaplice naw), aż po estetykę bliską art déco (prezbiterium).
fot. Norbert Aepli
Jest to jeden z największych zespołów witraży w nowoczesnej sztuce światowej. Poetycka inwencja ikonograficzna, dekoracyjna stylistyka, a przede wszystkim doskonałe rzemiosło sprawiło, że witraże te są jednym z ciekawszych dzieł secesji europejskiej, które spotkało się z entuzjastycznym przyjęciem nie tylko w Szwajcarii, lecz także w całej Europie. Na fali tego sukcesu Mehoffer otrzymał inne zlecenia wykonania witraży, w tym dla kościoła w Onnens (1902), w kaplicy grobowej rodziny Grauerów w Opawie (1901) oraz polichromie, witraże i obrazy w kościele Najświętszego Serca Pana Jezusa w Turku (1930-1939). Stworzył też projekt witraży dla katedry łacińskiej oraz namalował polichromie sklepienia w katedrze ormiańskiej.
Projekty witraży na ogromnych kartonach można oglądać w Muzeum Narodowym w Krakowie.
