Pod kościołem Św. Ducha znajdują się unikalne w skali całej Litwy rozległe podziemia, w których zgodne z lokalną tradycją, spoczywa kilka tysięcy zmarłych – tzw. wileńskie królestwo zmarłych. Podziemia te od lat wzbudzają zainteresowanie. Znajdują się w nich krypty z setkami szczątków ludzkich – ofiar wojen i epidemii, w tym 23 zmumifikowane ciała. To mumie mężczyzn, kobiet i dzieci, pochodzące z XVII-XIX w. Zachowały się dzięki temperaturze pomieszczenia oraz delikatnej wentylacji. Przed kilkoma laty litewscy i zagraniczni naukowcy przeprowadzili badania szczątków.
W celu inwentaryzacji podziemi i weryfikacji przypuszczenia, że są one wielokondygnacyjne, w 2022 roku zostały wykonane nieinwazyjne pomiary geofizyczne połączone ze skaningiem laserowym. W ramach badań georadarowych wykonano łącznie ponad 200 profilowań. Na tej podstawie, po analizie zarejestrowanych anomalii geofizycznych, jednoznacznie potwierdzono istnienie dwóch poziomów podziemnych galerii. Wykonane dodatkowo skanowanie laserowe umożliwiło uzyskanie dokładnego planu kościoła, który ujawnił nie tylko duże zróżnicowanie wnętrza, ale również fakt jak bardzo dotychczasowe rzuty świątyni były uproszone i dalekie od rzeczywistości.
Dzięki przeprowadzonym badaniom udało się wskazać absolutnie unikalne, bo dwukondygnacyjne, ceglane podziemia, których powstanie badacze wstępnie datują na czas po wielkim pożarze Wilna w 1610 r. Ich układ powtarza zapewne kształt murowanej, pierwszej świątyni dominikanów, a więc tej z czasów Aleksandra Jagiellończyka. Krypty nie wychodzą jednak poza obręb naw głównej i bocznych oraz prezbiterium, gdzie znajduje się osiemnastowieczna krypta dominikanów.
