Po śmierci w 1506 roku jego szczątki także nieustannie wędrowały – pierwszym i krótkim miejscem spoczynku Kolumba było Valladolid w północno-zachodniej Hiszpanii. Trzy lata później trumnę przetransportowano do Sewilli i pochowano w rodzinnym mauzoleum, ale na przestrzeni wieków jeszcze kilkakrotnie ją przenoszono: w 1544 roku do Santo Domingo, stolicy Dominikany; następnie w 1795 roku do Hawany. Ostatecznie wróciły do Sewilli w 1898 roku.
Do tej pory nieznane było miejsce, w którym Kolumba pochowano po raz pierwszy. Niedawno, w badaniu koordynowanym przez Hiszpańskie Muzeum Marynarki Wojennej, naukowcy określili dokładną lokalizację jego pierwszego grobowca w Valladolid. Znajdował się on w klasztorze świętego Franciszka. Budynek ten już nie istnieje, to obecnie zamknięta dla ruchu kołowego strefa handlowa w pobliżu Plaza Mayor. Jednak badacze z Hiszpańskiego Muzeum Marynarki Wojennej pobrali próbki ołowiu, cegieł i złota z grobu w Sewilli, i wysondowali ziemię w Valladolid, czego efektem było „zidentyfikowanie miejsca, w którym pochowano Kolumba”. „Z tych nici złota, srebra, gwoździ, ołowiu i cegieł, ku mojemu zdziwieniu udało nam się to osiągnąć” – mówił jeden z nich.
Nie uciszyło to jednak kontrowersji wokół ostatniego miejsca spoczynku odkrywcy Ameryki, ponieważ Republika Dominikany nadal twierdzi, że Kolumb jest pochowany w ozdobnej latarni morskiej w Santo Domingo. W 2005 roku naukowcy z Uniwersytetu w Granadzie pobrali próbki DNA z fragmentów kości, aby potwierdzić, że to jego szczątki spoczywają w Sewilli. Nie można jednak wykluczyć tego, że grób w Santo Domingo także zawiera część jego szczątków.
