Celem tej zmiany jest jak najlepsze wykorzystanie potencjału placówek o zbliżonym profilu działalności zlokalizowanych w Gdańsku, przy optymalizacji wydatkowania środków finansowych pochodzących z budżetu państwa. Muzeum II Wojny Światowej będzie gromadziło, ochraniało oraz eksponowało zabytki i zbiory oraz materiały dokumentacyjne dotyczące historii II wojny światowej. Ma także za zadanie gromadzić zbiory i upowszechniać wiedzę z zakresu dziejów Wojny Obronnej Polski w 1939 r. jako początku światowego konfliktu.
Ważną sprawą będzie również ochrona, utrzymanie i rewitalizacja zespołu obiektów architektury militarnej na terenie placówki Westerplatte. Ponadto muzeum ma prowadzić działalność wystawienniczą, edukacyjną, naukową, wydawniczą oraz kulturalną.
