Skalski skończył Szkołę Lotniczą w Dęblinie, kolebce polskich pilotów. Walczył w wojnie obronnej 1939 r. Opisał te czasy w książce „Czarne krzyże nad Polską”, m.in. strącenie pierwszego samolotu nieprzyjaciela. Tak o tym opowiadał w rozmowie z Bogusławem Czajkowskim:
„Mniej więcej ok. godz. 5:00 zostaliśmy przez dowódcę dywizjonu, kpt. Laskowskiego, który zginął następnego dnia, poinformowani, że jesteśmy w stanie wojny z Niemcami. W kilka minut później już wystartowałem i skierowałem się na Toruń. Nabrałem wysokości, w górze była jeszcze taka poranna mgiełka i w pewnym momencie dojrzałem samolot nieprzyjacielski, lecący dużo poniżej mnie. Oddałem dwie serie i go zestrzeliłem”.
Od jesieni 1940 r. Skalski walczył w Anglii, dowodził eskadrami w dywizjonach 306, 316, 317. W północnej Afryce jego jednostkę nazwano, w uznaniu dla umiejętności pilotów, „Cyrkiem Skalskiego”. Po wojnie Anglicy namawiali go, aby wykładał w ich szkole lotniczej; chcieli mu przyznać obywatelstwo brytyjskie, jednak lotnik odmówił. Wrócił do Polski, choć wiedział, że prawdopodobnie zostanie aresztowany. W czerwcu 1948 r. zatrzymano go pod zarzutem szpiegostwa. Ponad pół roku był torturowany przez funkcjonariuszy UB w więzieniu na ul. Rakowieckiej. Głównie znęcali się nad nim Józef Różański i Adam Humer. 7 kwietnia został skazany w „procesie” zwanym kiblowym. Nazwa wzięła się od sposobu prowadzenia rozpraw, które odbywały się nie na sali sądowej, ale w celach. Oskarżonym przysługiwało miejsce na więziennym sedesie. Tak właśnie skazano na karę śmierci bohatera przestworzy. Stanisław Skalski nie chciał prosić o ułaskawienie, prośbę napisała matka. Dopiero po upływie roku Bolesław Bierut zamienił karę na dożywocie. Przez ten cały okres Skalski przebywał w celi śmierci.
