Na byłym selekcjonerze "biało-czerwonych" ciąży 17 zarzutów korupcyjnych. Po decyzji o przyznaniu mu licencji PRO w mediach rozpętała się burza. Włodarze związku, pomimo deklaracji, sprawy nie ruszyli. Dopiero po kolejnej nagonce medialnej PZPN postanowił zawiesić licencję trenerską "Wójta". To decyzja tymczasowa. "Do czasu zakończenia postępowania sądowego" - powiedziała rzeczniczka piłkarskiej centrali, Agnieszka Olejnikowska. Zarzuty korupcyjne dotyczą czasu, w którym Wójcik prowadził Świt Nowy Dwór Mazowiecki.
Eksperci piłkarscy podkreślali, że decyzja PZPN była skandaliczna. Jego licencja wygasała z końcem 2010 roku, ale związek postanowił ja przedłużyć. "Janusz Wójcik spełnił wszystkie wymogi formalne do otrzymania licencji. Wyjaśniamy, że 16 kwietnia 2010 r. prokurator uchylił środki zapobiegawcze w postaci zawieszenia w wykonywaniu zawodu trenera piłki nożnej oraz zakazu prowadzenia działalności w strukturach sportowych piłki nożnej, zastosowane przez Sąd Okręgowy we Wrocławiu 17 listopada 2008 r. wobec Janusza Wójcika. Trener Wójcik podejrzany jest o popełnienie kilkunastu przestępstw dotyczących korupcji w piłce nożnej" - informował PZPN na swoje stronie internetowej.
Wójcik uważany był przez lata za jednego z najlepszych polskich trenerów. Szerszej publiczności dał się poznać w drugiej połowie lat 80., kiedy z Jagiellonią Białystok awansował do ekstraklasy. Pamiętnym sukcesem Janusza Wójcika jest wicemistrzostwo olimpijskie z reprezentacją Polski. W 1993 roku wywalczył z Legią mistrzostwo Polski, odebrane przez PZPN... w związku z tzw. „kolejką cudów”. Prowadził reprezentację Polski w 27 meczach, z który 15 wygrał, trzy zremisował i zaliczył dziewięć porażek. Kadra pod jego wodzą nie awansowała ani do mistrzostw świata 1998, ani mistrzostw Europy 2000. Po drugim niepowodzeniu został zwolniony. Ostatni raz Wójcik na ławce trenerskiej zasiadał w 2008 roku jako szkoleniowiec Widzewa Łódź. Po trzech miesiącach został zwolniony. Kilka miesięcy później został zatrzymany przez policję.