Prezes PiS przyjechał do Krakowa już po zamknięciu Wzgórza Wawelskiego. Towarzyszyli mu m.in. wicemarszałek Sejmu Ryszard Terlecki, minister infrastruktury Andrzej Adamczyk oraz poseł Włodzimierz Bernacki. W krypcie św. Leonarda odprawiona została msza św.
Prezydent Lech Kaczyński i jego małżonka Maria zginęli 10 kwietnia 2010 r. w katastrofie lotniczej pod Smoleńskiem w drodze na uroczystości rocznicowe do Katynia, razem z 94 innymi osobami. Pogrzeb pary prezydenckiej odbył się w Krakowie 18 kwietnia 2010 r.
W krypcie, w której znajduje się sarkofag Lecha i Marii Kaczyńskich, we wrześniu 2010 r. odsłonięta została tablica ku czci ofiar katastrofy, z nazwiskami wszystkich, którzy zginęli pod Smoleńskiem i łacińską sentencją: "Corpora dormiunt, vigilant animae" (Ciała śpią, dusze czuwają).
