W 1985 roku przewodnik wycieczek Kihachiro Aratake, nurkując na archipelagu Riukiu, w pobliżu niewielkiej japońskiej wyspy Yonaguni, odkrył niesamowite podwodne struktury skalne, których układ był tak regularny, że nie mógł powstać z przyczyn naturalnych.
Ogromny kamienny płaskowyż podwodny znajduje się na głębokości 15 metrów. Proste kamienne stopnie pokryte są geometrycznymi reliefami. Za nimi opada w dół, aż do dna, które jest na głębokości 27 metrów, pionowa ściana.
Odkryciem Aratake zainteresował się prof. Masaaki Kimura, specjalista w dziedzinie geologii morskiej oraz sejsmologii na Uniwersytecie Riukiu, który rozpoczął samodzielne badania, wielokrotnie nurkując w morzu. Mimo nieprzychylnej opinii wielu kolegów naukowców (wielu z nich sądzi, że obiekty skalne powstały w sposób naturalny) Kimura stwierdził, że są to pozostałości jakiegoś nieznanego starożytnego miasta, wielkiego zespołu budynków wykutych w skale.
Teorię Kimury wydają się potwierdzać powtarzające się zdobienia owych skał, posąg ludzkiej głowy w nakryciu z piór czy rozwiązania konstrukcyjne owych megalitycznych budowli. Ale czym jest podwodne miasto, kto je zbudował i co spowodowało, że zniknęło pod wodą – to ciągle stanowi zagadkę dla współczesnej nauki.