Katowicka prokuratura oskarżyła Kiszczaka o umyślne sprowadzenie „powszechnego niebezpieczeństwa dla życia i zdrowia ludzi’, kiedy 13 grudnia 1981 r. jako szef MSW wysłał szyfrogram do jednostek milicji, mających m.in. pacyfikować zakłady strajkujące po wprowadzeniu stanu wojennego. Zdaniem prokuratury Kiszczak - bez podstawy prawnej - przekazał w nim dowódcom oddziałów MO uprawnienia do wydania rozkazu użycia broni. Ta decyzja miała być podstawą działań plutonu specjalnego ZOMO, który 15 i 16 grudnia pacyfikował kopalnie „Manifest Lipcowy” i „Wujek”.
Zaskoczone wyrokiem wyraził szef klubu PiS Mariusz Błaszczak. - To jest wyrok nieprawomocny, liczę na to, że prokuratura złoży apelację - powiedział poseł dziennikarzom w Sejmie. - Ci, którzy wydawali rozkazy, które następnie skutkowały mordowaniem ludzi, powinni za nie odpowiedzieć - podkreślił.
Według Błaszczaka, ”nie ulega wątpliwości, że mieliśmy do czynienia z morderstwem, że morderstwa dokonali funkcjonariusze ZOMO, a ci funkcjonariusze podlegali generałowi Kiszczakowi”. - A więc człowiek odpowiedzialny za to, co wydarzyło się 13 grudnia 1981 roku, powinien ponieść konsekwencje swych decyzji - dodał.
Górnicy z "Wujka" zastrajkowali 13 grudnia 1981 r., domagając się m.in. zniesienia stanu wojennego i zwolnienia internowanych. 16 grudnia doszło do starć górników z zomowcami, którzy wdarli się na teren kopalni. Od ich strzałów na miejscu zginęło sześciu górników, siódmy zmarł kilka godzin później, a dwóch kolejnych - w styczniu 1982 r.
Sprawę Kiszczaka wyłączono w 1993 r., z powodu jego złego zdrowia, z katowickiego procesu zomowców, w którym po kilku procesach zapadły ostateczne wyroki skazujące ich na kary od 3,5 do 6 lat więzienia. Pierwszy proces Kiszczaka ruszył przed warszawskim sądem w 1994 r. W 1996 r. uniewinniono go, a w 2004 r. skazano na 2 lata więzienia w zawieszeniu. Oba wyroki uchylał potem Sąd Apelacyjny w Warszawie.
W trzecim procesie SO w 2008 r. uznał, że karalność nieumyślnego czynu Kiszczaka przedawniła się w 1986 r. i umorzył proces. W październiku 2009 r. SA uwzględnił apelacje prokuratury i pełnomocników oskarżycieli posiłkowych (czyli górników z "Wujka") i nakazał ponowny proces. SA uznał, że nie można mówić o nieumyślnej winie Kiszczaka i dlatego sprawa nie przedawniła się.
W 1981 r. Kiszczak został szefem MSW jako bliski współpracownik Jaruzelskiego. Członek WRON. Był w Biurze Politycznym KC PZPR w latach 1986-90. Był uczestnikiem rozmów w Magdalence i prac Okrągłego Stołu w 1989 r. Desygnowany na premiera w lipcu 1989 r.; nie zdołał utworzyć rządu. W rządzie Tadeusza Mazowieckiego miał funkcję wicepremiera. W lipcu 1990 r. wycofał się z polityki.
