Walki w mieście ustały ok godziny 20:00. Później, już w nocy rozpoczęły się rozmowy i negocjacje warunków kapitulacji. Z relacji świadków wynika, że ok. 2:00 w nocy po długich negocjacjach prowadzonych w Dworku Reicherów w Ożarowie Mazowieckim upoważnieni przez komendanta głównego Armii Krajowej gen. dyw. Tadeusza Komorowskiego „Bora” płk. dypl. Kazimierz Iranek Osmecki „Jarecki” i ppłk. dypl. Zygmunt Dobrowolski „Zyndram” podpisali Układ o zaprzestaniu działań wojennych w Warszawie. Przedstawicielem strony niemieckiej był gen SS Erich von dem Bach-Zelewski - dowódca grupy stworzonej specjalnie do pacyfikacji Powstania Warszawskiego.
Jak się później okazało gen. SS Erich von dem Bach-Zelewski nigdy nie odpowiedział za zbrodnie na Polakach. Choć został aresztowany przez Amerykanów i w Norymberdze przyznał się do osobistego udziału w pacyfikacji powstania ostatecznie został skazany jedynie za zabójstwo kilku komunistów w „Noc Długich Noży”.
W nocy rozkaz o zakończeniu walki podpisał gen. „Bór” Komorowski. Zawieszenie broni wyznaczono na godzinę 5:00 3 października.
Tego dnia stolicę mogła zacząć opuszczać ludność cywilna. Miasto opuściło około 16 000 mieszkańców. Do niewoli dostał się 15. pułk piechoty Armii Krajowej, a w nim 375 oficerów, 1227 żołnierzy i 221 łączniczek bądź sanitariuszek.
Zgodnie z zawartymi porozumieniami, żołnierze Armii Krajowej mieli zostać uznani przez Niemców za jeńców wojennych i uzyskać prawa kombatanckie, natomiast ludność cywilna miała być chroniona i traktowana zgodnie z konwencjami wojennymi. Były to główne warunki kapitulacji powstańców.
Okazało się jednak, że Niemcy złamali warunki kapitulacji w sprawie ludności cywilnej. Mieszkańców Warszawy początkowo osadzono w obozie w Pruszkowie, a stamtąd masowo wywożono do obozów koncentracyjnych i na roboty przymusowe.