Dygnatowski jako generał broni jest obecnie najwyższym rangą lustrowanym oficerem wojska. Proces rozpoczął się, ponieważ generał dopuścił się zatajenia faktu swojej współpracy z Wojskowymi Służbami Wewnętrznymi – kontrwywiadem wojskowym PRL-u.
– Nie byłem tajnym współpracownikiem. Do niczego się nie przyznaję. Nie twierdzę, że nie rozmawiałem z ludźmi służb. Wojsko to taka instytucja, w której działają służby – mówił „Codziennej” gen. Dygnatowski przed tajną rozprawą w procesie lustracyjnym. Jednak według pionu lustracyjnego IPN-u od 1979 do 1981 r. generał miał współpracować z WSW w charakterze tajnego współpracownika o pseudonimie Orion. Lustrowany był wówczas słuchaczem Wyższej Oficerskiej Szkoły Lotniczej w Dęblinie.
Dygnatowskiego do rangi generała broni awansował w sierpniu 2011 r. prezydent Bronisław Komorowski. Od października 2010 r. Dygnatowski pełnił obowiązki wiceszefa Sztabu Generalnego Wojska Polskiego, a w lipcu 2012 r. odszedł do rezerwy. Zaskarżone oświadczenie lustracyjne generał składał, gdy ubiegał się o nominację na zastępcę dowódcy operacyjnego Sił Zbrojnych. Funkcję tę pełnił w latach 2008–2010.