W ostatniej drodze pisarza pożegnali, poza najbliższą rodziną, m.in. prezes warszawskiego oddziału Stowarzyszenia Pisarzy Polskich Jacek Moskwa, reżyser filmowy Antoni Krauze, przedstawiciele świata kultury, politycy, dziennikarze "Gazety Polskiej Codziennie", w której Nowakowski publikował, a także liczni mieszkańcy stolicy, którzy na grobie pisarza w Alei Zasłużonych składali kwiaty i zapalali znicze.
Wzruszające chwile podczas pogrzebu zapewnił muzyk Muniek Staszczyk, który w towarzystwie gitarzysty zaśpiewał piosenki "Warszawa" i "Bóg" z repertuaru T. Love, a także przejmującą balladę przedwojennej Warszawy "Apaszem Stasiek był". Córka pisarza odczytała fragment ostatniej książki Nowakowskiego "Dziennik podróży w przeszłość", w którym pisarz wraca do czasu swej młodości, gdy dopiero marzył o zostaniu pisarzem.
Pogrzeb pisarza rozpoczął się od mszy św. w kościele św. Karola Boromeusza. Liturgii żałobnej przewodniczył ks. Aleksander Seniuk, rektor w klasztorze Sióstr Wizytek w Warszawie. "Mówił do mnie nieraz: pamiętaj, jesteśmy ziomalami. To prawda, wyszliśmy z tych peryferyjnych łąk warszawskich, to był nasz wspólny mikroświat" - wspominał w homilii ksiądz Seniuk.

(Filip Błażejowski)
"Dziękujemy Ci za twoją wielką pasję w poszukiwaniu prawdy o Polsce i Polakach" - mówił duchowny, dodając, że na kartach książek Nowakowski przywracał ludziom odrzuconym honor i godność. "Dziękujemy Ci, Marku, za książki, które nam zostawiłeś (...). Być może to niebieskie Jeruzalem, do którego zdążasz, ma swoje ciernie, ma swoje peryferia, więc na wszelki wypadek ostrz swoje pióro" - mówił ksiądz Seniuk.
Marek Nowakowski zmarł 16 maja w wieku 79 lat.