Wojciech Rowiński brał udział w pierwszym polskim udanym przeszczepieniu nerki w 1966 roku. Stworzył Klinikę Chirurgii Ogólnej i Transplantologii w Szpitalu im. Dzieciątka Jezus w Warszawie, którą kierował w latach 1980-2006.
Był dyrektorem Instytutu Transplantologii Akademii Medycznej w Warszawie (1996-2004), wieloletnim Konsultantem Krajowym w dziedzinie transplantologii klinicznej, przewodniczącym Krajowej Rady Transplantacyjnej (1995-2006) oraz członkiem szeregu międzynarodowych towarzystw naukowych. W latach 2001-2003 był prezydentem (a wcześniej wieloletnim członkiem zarządu) Europejskiego Towarzystwa Przeszczepiania Narządów (ESOT). Ponadto był współzałożycielem, a w latach 2007-2009 prezesem Polskiego Towarzystwa Transplantacyjnego. Ponadto zasiadał w Komisji Etyki Światowego Towarzystwa Transplantacyjnego, Komitecie Światowej Organizacji Zdrowia oraz senackiej Komisji do Spraw Oceny Profesorów. Był założycielem, a do roku 2007 redaktorem naczelnym czasopisma naukowego „Annals of Transplantation”.
W 2008 roku z jego inicjatywy Sejm RP przyjął uchwałę w sprawie akceptacji transplantologii jako metody leczenia. W ostatnich latach zaangażowany był w program „Partnerstwo dla Transplantacji”, którego był twórcą.
Odznaczony Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski z Gwiazdą, Krzyżem Oficerskim Orderu Odrodzenia Polski oraz Złotym Krzyżem Zasługi.
W 2010 roku był inicjatorem uchwalenia Narodowego Programu Rozwoju Medycyny Transplantacyjnej, rządowego programu mającego na celu zapewnienie wsparcia finansowego dla transplantologii w Polsce.