Egipscy chrześcijanie w większości poparli obalenie wywodzącego się z Bractwa Muzułmańskiego prezydenta Mursiego i sami stali się celem późniejszej fali przemocy. W wypowiedzi umieszczonej na internetowych stronach islamistycznych bojowników Zawahiri powiedział, że w interesie muzułmanów nie leży angażowanie się w walkę z chrześcijanami. - Musimy zająć się konfrontacją ze zamerykanizowanym zamachem (generała Abda el-Fataha Saida) es-Sisiego i ustanowieniem islamistycznego rządu - wyjaśnił.
Sisi, minister obrony Egiptu, obalił w lipcu Mursiego, którego ustąpienia domagały się miliony Egipcjan. Obalenie prezydenta Mursiego poparł patriarcha Koptyjskiego Kościoła Prawosławnego Tawadros II (Teodor II). - Nie wolno nam ruszać na wojnę z chrześcijanami i w ten sposób pozwolić Zachodowi na obwinianie muzułmanów, jak to było wcześniej - powiedział Zawahiri.
Generała Sisiego określił mocnymi słowami, określając jako wojskowego przywódcę, od lat kierującego Egiptem w amerykańskim interesie. "Jest najemnikiem, zamerykanizowaną marionetką, szalbierzem, zdrajcą i grzesznikiem od dawna liżącym cudze buty" - powiedział szef Al-Kaidy. Na Mursim też nie pozostawił suchej nitki. Według niego Mursi współpracował ze świeckimi Egipcjanami i poddał się Amerykanom, uznając porozumienia z nimi i Izraelem. I to właśnie według Zawahiriego spowodowało upadek Mursiego.