Stary System Informacji Oświatowej gromadzi statystyczne i indywidualne dane o szkołach, placówkach oświatowych i nauczycielach oraz statystyczne o uczniach, a także ich dane. Wiceminister edukacji Maciej Jakubowski wyjaśnił, że wydłużenie działania starego systemu pozwoli przez najbliższe trzy lata bezpiecznie dokonywać podziału subwencji oświatowej na podstawie danych w nim zgromadzonych. W tym czasie mają być wyeliminowane błędy w danych identyfikacyjnych w nowym systemie, w tym błędy powstałe przy wpisywaniu danych uczniów przez użytkowników SIO i błędy w rejestrze PESEL (np. błędy w nazwiskach i imionach).
Senatorowie PiS Jan Maria Jackowski i Grzegorz Wojciechowski pytali jakie firmy tworzą nowy system, jak zostały wyłonione oraz o to, czy nowelizacja nie pociągnie za sobą konieczności przeprowadzenia kolejnych przetargów. Senator Kazimierz Wiatr z PiS poruszył zaś kwestie związane z bezpieczeństwem danych w tak dużym systemie jakim jest SIO; jego zdaniem, nowy System nie daje gwarancji ich bezpieczeństwa.
W nowym systemie obok danych o szkołach i nauczycielach zbierane są także indywidualne dane o uczniach. Przy czym dane o uczniach identyfikowane są tylko na etapie zbierania ich w szkołach, następnie przekazywane są w formie danych statystycznych. Tak zwane dane wrażliwe są zbierane wyłącznie wtedy, gdy wyrazi na to zgodę rodzic ucznia. Przed wprowadzeniem tego zabezpieczenia nowe SIO krytykowała m.in. Helsińska Fundacja Praw Człowieka. Obecnie nowe SIO oceniane jest pozytywnie przez GIODO.