Kapłan został zastrzelony przez płatnych zabójców cosa nostra w dniu swych 56. urodzin, 15 września 1993 roku przed domem w Palermo. Był proboszczem w dzielnicy miasta Brancaccio, kontrolowanej przez mafijną rodzinę Graviano. Śledczy ustalili, że to właśnie na zlecenie rodziny Graviano kapłan został zamordowany. Pięciu zabójców z komanda śmierci cosa nostra otrzymało już wyroki dożywocia.
Ksiądz Puglisi jako duszpasterz otwarcie sprzeciwiał się mafii i koncentrował się na wychowaniu młodzieży w duchu praworządności, chcąc uchronić ją przed wpływami przestępczości zorganizowanej. Dziś uważany za bohatera narodowego duchowny wskazywany jest często jako wzór odwagi i oporu wobec mafii.
- Mafiosi, którzy często mówią o sobie, że są wierzący i w taki sposób siebie przedstawiają, wprawiają w ruch mechanizmy nadużyć i niesprawiedliwości, niechęci, nienawiści, przemocy i śmierci. Zbrodnicza działalność mafiosów ukazuje jej prawdziwą istotę. Oni odrzucają Boga życia i miłości (...) Błogosławiony Puglisi służył i kochał jak ojciec. W Brancaccio spotykał dzieci i młodzież codziennie narażoną na kontakt z fałszywym, nędznym ojcostwem mafii z dzielnicy, która kradła godność i dawała śmierć w zamian z ochronę i wsparcie – mówił w czasie Mszy św. arcybiskup Palermo kardynał Paolo Romeo, a jego homilia wielokrotnie przerywana była owacjami wiernych.
Kardynał Romero podkreślił, że ksiądz Puglisi głosił wzór Boga Ojca na znak sprzeciwu wobec władzy „ojca chrzestnego” cosa nostra. W uroczystościach beatyfikacyjnych uczestniczyli między innymi przewodniczący Senatu Włoch Pietro Grasso, do niedawna krajowy prokurator do walki z mafią, ministrowie: spraw wewnętrznych Angelino Alfano i sprawiedliwości Anna Maria Cancellieri, a także wielu policjantów i przedstawicieli sądownictwa z Sycylii.
