Decyzję ws. utrzymania orzeczenia skazującego Siemiątkowskiego i Bieszyńskiego podjął Sąd Apelacyjny w Warszawie. Sąd zdecydował o skazaniu Siemiątkowskiego na karę roku więzienia w zawieszeniu na trzy lata, a Bieszyńskiego - na 7 miesięcy więzienia w zawieszeniu na taki sam okres próby.
Sąd uwzględnił apelację prokuratury, która domagała się, aby obaj mężczyźni zostali skazani nie tylko w związku z bezprawnym pozbawieniem wolności Modrzejewskiego, ale także za nadużycie uprawnień w tej sprawie. Decyzją sądu apelacyjnego trzeci oskarżony w tej sprawie - ówczesny wiceszef UOP płk Mieczysław Tarnowski, uniewinniony w I instancji, będzie miał ponowny proces.
Według sądu celem bezprawnego zatrzymania Modrzejewskiego było wyłącznie niedopuszczenie do podpisania przez niego kontraktu paliwowego ze spółką J&S, do czego wykorzystano inną sprawę - dotyczącą nieprawidłowości w obrocie akcjami przez Modrzejewskiego. W tym celu UOP uzyskał od prokuratury nakaz zatrzymania prezesa PKN Orlen przed podpisaniem przez niego umowy z J&S. Sąd podkreślił, że było to „rażące złamanie przepisów i etyki zawodowej” przez szefów UOP.
Skazany razem z Siemiątkowskim Ryszard Bieszyński był funkcjonariuszem Służby Bezpieczeństwa MSW PRL. To właśnie Bieszyński w procesie ekstradycyjnym w USA był świadkiem obrony biznesmena Edwarda Mazura, podejrzanego o zlecenie zabójstwa b. szefa polskiej policji gen. Marka Papały. Bieszyński złożył korzystne dla Mazura zeznania - biznesmen nie został przekazany polskiemu wymiarowi sprawiedliwości.
