Przygotowana przez MON reforma dowodzenia i kierowania armią ma doprowadzić do uproszczenia struktur, dopasowania ich do mniej licznej armii i ujednolicenia struktur na czas wojny i pokoju. Zgodnie z projektem zamiast funkcjonujących obecnie siedmiu najwyższych dowództw i inspektoratów mają funkcjonować cztery organy centralne - w tym zamiast odrębnych dowództw czterech rodzajów sił zbrojnych mają powstać dwa dowództwa połączone.
Zarzut niezgodności reformy z konstytucją w trakcie debaty podniosły kluby PiS, RP i SL, które wnioskowały o odrzucenie projektu w pierwszym czytaniu.
Poseł PiS Mariusz Antoni Kamiński zapowiedział zaskarżenie reformy do Trybunału Konstytucyjnego, jeśli zostanie ona uchwalona przez koalicyjną większość.
Obecnie minister obrony kieruje armią za pośrednictwem szefa Sztabu Generalnego. Po reformie Sztab, uwolniony od zadań dowódczych, ma się skupić na planowaniu strategicznym, opracowywaniu programów wieloletniego rozwoju sił zbrojnych, a także doradzaniu ministrowi obrony, premierowi i prezydentowi w sprawach dotyczących ogólnej i operacyjnej działalności armii. Szef Sztabu Generalnego WP ma być organem pomocniczym ministra w kierowaniu całokształtem działalności sił zbrojnych w czasie pokoju, czyli będzie sprawował nadzór nad ogólną i operacyjną działalnością armii. Ponadto Minister obrony w czasie pokoju ma kierować działalnością sił zbrojnych przy pomocy dowódcy generalnego, dowódcy operacyjnego oraz szefa Sztabu Generalnego. Wszyscy trzej mają bezpośrednio podlegać ministrowi. Według szefa MON zwiększy to cywilną kontrolę nad wojskiem. Ministrowi mają też podlegać Służba Kontrwywiadu Wojskowego i Służba Wywiadu Wojskowego.
