Jak powiedział rzecznik MON, zgodnie z porozumieniem resortu z Agencją Bezpieczeństwa Wewnętrznego, gen. Bondaryk będzie funkcjonariuszem Agencji, oddelegowanym do pracy w MON. Narodowe Centrum Kryptologii to wspólny projekt MON i ABW.
Na początku stycznia tego roku Krzysztof Bondaryk złożył rezygnacje z funkcji szefa ABW. Jak pisała "Gazeta Polska Codziennie" dymisja Bondaryka była jednym z etapów wojny pomiędzy Donaldem Tuskiem a szefem ABW. Po wybuchu afery Amber Gold, w którą uwikłany jest syn Donalda Tuska Michał, premier zapowiedział reformę służb specjalnych.
Krzysztof Bondaryk był kojarzony z Grzegorzem Schetyną i Zygmuntem Solorzem-Żakiem, u którego przez wiele lat pracował – był szefem ds. bezpieczeństwa w telefonii cyfrowej Era. Według nieoficjalnych informacji reforma służb specjalnych ma pozbawić ABW uprawnień śledczych. Oznacza to odebranie Agencji wszystkich tego typu spraw. Także tych, w których pojawiają się nazwiska osób z najbliższego otoczenia premiera Donalda Tuska. Chodzi m.in. o postępowania dotyczące branży energetycznej, w którym przewijają się nazwiska osób z otoczenia premiera, takich jak np. Jan Krzysztof Bielecki, szef Rady Gospodarczej przy premierze, czy Krzysztof Kilian, zaufany człowiek Tuska, szef Polskiej Grupy Energetycznej.