Naczelnej Prokuraturze Wojskowej podlegają obecnie dwie wojskowe prokuratury okręgowe w Warszawie i Poznaniu, którym z kolei podporządkowano 11 wojskowych prokuratur garnizonowych. W 2011 r. wojskowe jednostki prokuratury prowadziły i nadzorowały 3,5 tys. spraw. Jeszcze w 2008 r. było ich 8,5 tys.
Projekt rozporządzenia, nad którym pracuje MON, ma zlikwidować trzy prokuratury garnizonowe: w Bydgoszczy, Elblągu i Zielonej Górze. W tych miastach nie ma sądów wojskowych, więc - napisano w uzasadnieniu projektu rozporządzenia - „za zniesieniem wspomnianych prokuratur przemawiają względy ekonomiki procesowej”. Wojskowe sądy garnizonowe w Bydgoszczy i Zielonej Górze zniesiono w połowie 2010 r.
Jeśli projektowane rozporządzenie wejdzie w życie, w Polsce pozostanie osiem wojskowych prokuratur garnizonowych: w Gdyni, Krakowie, Lublinie, Olsztynie, Poznaniu, Szczecinie, Warszawie i Wrocławiu.
Sądownictwo wojskowe to obecnie siedem sądów garnizonowych (w Gdyni, Lublinie, Olsztynie, Poznaniu, Szczecinie, Warszawie i Wrocławiu) i dwa okręgowe (w Poznaniu i Warszawie). Dla spraw wojskowych odpowiednikiem sądu apelacyjnego jest Izba Wojskowa Sądu Najwyższego.
Zaprezentowany w październiku 2012 r. przez Ministerstwo Sprawiedliwości projekt nowej ustawy o prokuraturze przewiduje włączenie prokuratury wojskowej do prokuratur cywilnych.