Mackiewicz był naocznym świadkiem ekshumacji grobów katyńskich, przyczynił się do rozpowszechnienia na całym świecie prawdy o tej zbrodni i o jej sprawcach. Po powrocie z ekshumacji w "Gońcu Codziennym" ukazał się wywiad z nim wywiad pt. „Widziałem na własne oczy”, w którym zrelacjonował pobyt w miejscu kaźni polskich oficerów. Za ten wywiad PPR wydała na Józefa Mackiewicza wyrok śmierci.
W książce „Sprawa mordu katyńskiego” Józef Mackiewicz opisuje ze szczegółami, jak Moskwa zablokowała międzynarodowe śledztwo w sprawie zbrodni katyńskiej. Na wniosek strony polskiej i niemieckiej śledztwo prowadzić miał Międzynarodowy Czerwony Krzyż. Polska zabiegała o nie wówczas bez względu na pogróżki Moskwy.
Śp. prezydent Lech Kaczyński tak pisał o Mackiewiczu - "Jego książki uczyły raczej gorzkiej mądrości: pozwalały zrozumieć istotę czerwonego zniewolenia, sposoby, jakimi system sowiecki zakłamywał rzeczywistość i łamał wolę poszczególnych ludzi i całych grup społecznych. Józef Mackiewicz był człowiekiem bezkompromisowym. Nieprzejednany wróg bolszewizmu, w rubryce "narodowość" deklarujący prowokacyjnie: "antykomunista", nie godził się na żadne ustępstwa względem Związku Sowieckiego. Zarazem nie respektował jakiegokolwiek rodzaju politycznej poprawności. Swoje poglądy, niewygodne nie tylko dla zachodnich wyznawców komunizmu, lecz także dla wielu własnych rodaków przedstawiał w paryskiej "Kulturze", na łamach emigracyjnej prasy, w publikacjach i licznych książkach."
Mackiewicz słynął ze swojej bezkompromisowej postawy: "Z komunistami nie można rozmawiać, ich trzeba zabijać.", "Fałszujemy rzeczywistość, stawiając niekiedy znak równania między okupacją niemiecką i sowiecką. Niemiecka robi z nas bohaterów, a sowiecka robi z nas gówno. Niemcy do nas strzelają, a Sowieci biorą gołymi rękami. My do Niemców strzelamy, a Sowietom wpełzamy w dupę. To nie jest więc żadna analogia, lecz odwrotność." - pisał.
Uciekając przed ponowną okupacją sowiecką w 1944 r., J. Mackiewicz wraz z żoną przedostali się do Warszawy aby następnie w styczniu 1945 r. wyjechać do Rzymu gdzie opracował białą księgę o mordzie katyńskim – Zbrodnia katyńska w świetle dokumentów z przedmową gen. Andersa, która ukazała się w roku 1948.
W latach 1946–1947 J. Mackiewicz zaczął regularnie publikować w kilku pismach emigracyjnych, m.in. w paryskiej Kulturze, londyńskich „Wiadomościach”, tygodniku „Lwów i Wilno”. W tym też czasie Mackiewiczowie przenieśli się do Londynu.
W 1971 r. prezydent August Zaleski odznaczył go Krzyżem Komandorskim Orderu Polonia Restituta.
W 1974 r. uniwersytet amerykański w Kansas zgłosił Mackiewicza do Nagrody Nobla.
Józef Mackiewicz zmarł 31 stycznia 1985 r., jego żona przeżyła go o niecałe pół roku. Prochy obojga małżonków spoczęły w Londynie.
