Na okresie II wojny światowej nie kończy się walka tego niezłomnego księdza o Polskę. Był bowiem współtwórcą i członkiem wielu antykomunistycznych organizacji. 10 listopada 1939 roku w kościele garnizonowym przy ul. Długiej ks. Jan Zieja przyjął uroczystą przysięgę twórców Tajnej Armii Polskiej, jednej z pierwszych wojskowych organizacji podziemnych. TAP powstała dzień wcześniej z połączenia dwóch konspiracyjnych grup: Jana Dangla (studenci Szkoły Głównej Handlowej) i komendanta mjr. Jana Włodarkiewicza (wojskowi i chrześcijańscy działacze społeczni). Jednym z założycieli był ppor. Witold Pilecki, a spotkanie inicjatywne odbyło się w mieszkaniu jego kuzynki – Eleonory Ostrowskiej, na warszawskim Żoliborzu przy alei Wojska Polskiego 40. TAP miała wyraźny rys chrześcijańsko-narodowy (dzisiejsi anty-Polacy powiedzą: faszystowski). Zajmowała się wywiadem, dywersją, gromadziła dane o niemieckich represjach i funkcjonariuszach, przerzucała ludzi do polskiego wojska we Francji. To właśnie w ramach TAP Witold Pilecki pójdzie na ochotnika do Auschwitz – 19 września 1940 r., w tym samym mieszkaniu, przy alei Wojska Polskiego 40, pozwoli się aresztować Niemcom. „Zamelduj, gdzie trzeba, że rozkaz wykonałem” – zapamięta Ostrowska. W obozie razem z odnalezionymi tam TAP-owcami Pilecki założy Związek Organizacji Wojskowej. Gdy w Warszawie powstanie Związek Walki Zbrojnej, przemianowany potem na Armię Krajową, ZOW – tak samo zresztą jak TAP – stanie się ich częścią. Ksiądz Jan Zieja będzie potem aktywny w wielu strukturach konspiracyjnych: kapelan przy Komendzie Głównej AK, Szarych Szeregów oraz Batalionów Chłopskich.
Rozwinie współpracę z Radą Pomocy Żydom „Żegota”. A w okresie PRL zasłynie aktywnością w Komitecie Obrony Robotników, Ruchu Obrony Praw Człowieka i Obywatela oraz Solidarności.