We wrześniu 1939 roku dowodził zmotoryzowaną kompanią, a po przedostaniu się do Francji – baterią artylerii ciężkiej. W Anglii przeszkolony na cichociemnego. Był jednym z pierwszych cichociemnych, zrzuconych do okupowanej Polski na początku listopada 1941 roku (potem, pracując w KG ZWZ-AK, przygotowywał zrzuty dla następnych grup). Ponieważ praca organizacyjna mniej mu odpowiadała, wiosną 1942 roku mianowano go dowódcą II odcinka „Wachlarza” (Wydzielona Organizacja Dywersyjna Armii Krajowej) – od Równego do Kijowa i od Sarn do Berdyczowa. 18 stycznia 1943 roku 16 żołnierzy AK przeprowadziło spektakularną akcję uwolnienia, bez strat własnych, kolegów przetrzymywanych przez Niemców w więzieniu w Pińsku. „Działamy po cichu, stosujemy podstęp z przemocą, bez użycia broni” – powiedział przed atakiem na pińską katownię Gestapo dowódca Jan Piwnik. I rzeczywiście, rozbicie więzienia w Pińsku powinno być uważane za jedną z najlepiej przygotowanych akcji polskiego podziemia. Żołnierze zrealizowali zadanie w 100 procentach, dodatkowo w miejscu naszpikowanym różnymi formacjami niemieckimi. Najpierw zdobyli więzienie, następnie odbili jeńców, równie skutecznie odskoczyli i w końcu przekroczyli granicę Generalnego Gubernatorstwa. Już w Górach Świętokrzyskich Piwnik dokonał szeregu akcji dywersyjnych, w tym na niemieckie pociągi, likwidował konfidentów i szpicli, ubezpieczał zrzuty broni, ludzi i zaopatrzenia z Anglii. W gruncie rzeczy „Ponury” miał „szczęście” – poległ na polu walki od niemieckiej kuli (16 czerwca 1944 roku w Jewłaszach nad Niemnem), a nie w wyniku komunistycznych tortur. Trzy tygodnie później Nowogródczyznę zajęła Armia Czerwona.
Komandos „Ponury”
31 sierpnia 1912 roku we wsi Janowice koło Ostrowca Świętokrzyskiego urodził się Jan Piwnik „Ponury”, cichociemny, oficer „Wachlarza”, szef Kedywu Okręgu Radomsko-Kieleckiego AK, legendarny dowódca partyzanckich zgrupowań walczących w Górach Świętokrzyskich i oddziału dywersyjnego na Nowogródczyźnie.