Nadgoplański Park Tysiąclecia stanowi również obszary Natura 2000: Ostoja Nadgoplańska, Jezioro Gopło.
Celem powołania rezerwatu było zachowanie ze względów naukowych i dydaktycznych licznych miejsc lęgowych ptactwa wodnego, błotnego i lądowego, zabezpieczenie wartości historycznych tego rejonu związanych z początkami Państwa Polskiego, ochrona naturalnych właściwości środowiska przyrodniczego i swoistych cech krajobrazu (jezioro Gopło, obszar gruntów i lasów do niego przylegających, ostoja ptactwa wodnego i błotnego).
Gopło – jezioro na Pojezierzu Gnieźnieńskim, położone na Kujawach, w województwie kujawsko-pomorskim (oraz częściowo w woj. wielkopolskim), niedaleko Inowrocławia. Przez Gopło przepływa Noteć, a nad jego północnym brzegiem leży Kruszwica. Jest ono połączone Kanałem Ślesińskim z Wartą. Natomiast Noteć zapewnia połączenie wodne z Wisłą i Odrą. Jest to największe jezioro województwa kujawsko-pomorskiego i regionu Kujaw.
Jest to jezioro rynnowe, pochodzenia polodowcowego, o południkowym przebiegu i rozwidlonym południowym końcu. Linia brzegowa jest niska, urozmaicona, z licznymi zatokami i półwyspami, w niektórych miejscach brzegi zabagnione; liczne są też wyspy. Nad Gopłem znajduje się rezerwat ornitologiczny. Jezioro zamieszkuje sum europejski – największa słodkowodna ryba Europy. Nazwa jeziora wiązana jest ze słowiańskim plemieniem Goplan oraz z legendami o Popielu i Goplanie.
Gopło wraz z przylegającym obszarem tworzy obszar Nadgopla (Ostoi Nadgoplańskiej). Najważniejszym elementem przyrodniczym obszaru jest Jezioro Gopło – dziewiąte co do wielkości jezioro w Polsce, które wraz z przepływającą przez nie Notecią stanowi główny system hydrologiczny. Bardzo dobrze rozwinięta linia brzegowa, liczne wysepki oraz płaskie brzegi sprzyjają rozwojowi szuwarów i wilgotnych łąk. Szeroka strefa szuwarów i łąk oraz resztki wilgotnych lasów łęgowych są najcenniejszym elementem szaty roślinnej północnego Nadgopla.
W tej części obszaru w strukturze użytkowania dominują grunty orne i łąki, a lasy zajmują niewielką powierzchnię. W części południowej rzeźba terenu jest o wiele bardziej urozmaicona. Jest tam więcej lasów, porastających wydmowe obszary Gopła. Ostoja obejmuje obszar, na którym zachowało się wiele cennych zabytków z czasów istnienia organizacji plemiennej Goplan oraz z okresu sztuki romańskiej.
Powierzchnia zwierciadła wody według różnych źródeł wynosi od 2121,5 ha do 2154,5 ha.
Zwierciadło wody położone jest na wysokości 76,8-77,2 m n.p.m. Średnia głębokość jeziora wynosi 3,6 m, natomiast głębokość maksymalna jeziora to 16,6 m.
W oparciu o badania przeprowadzone w 2002 roku wody jeziora zaliczono do wód pozaklasowych i III kategorii podatności na degradację.
Gopło znajduje się w sercu rezerwatu przyrody Nadgoplański Park Tysiąclecia (12 638,8 ha), częściowo na terenie parku krajobrazowego oraz Goplańsko-Kujawskiego obszaru chronionego. Nadgople chronione jest programem Natura 2000.
Jezioro jest głównie własnością Skarbu Państwa: jezioro pozostaje w zarządzie gospodarstwa rybackiego w Kruszwicy, zaś lasy nadgoplańskie w zarządzie RDLP.
Duże zagrożenie dla wartości przyrodniczych tego obszaru stanowią liczne ośrodki wypoczynkowe i turystyczne, wykup działek rekreacyjnych od rolników i budowa domków letniskowych w południowej części Nadgopla.
Dużym problemem, mimo wyraźnej poprawy po wybudowaniu oczyszczalni ścieków komunalno-przemysłowych dla Kruszwicy, są znaczące pokłady osadów w części północnej Jeziora Gopło pochodzące z czasów, gdy do zbiornika zrzucano bezpośrednio ścieki komunalne i przemysłowe z winiarni i zakładów tłuszczowych. Mimo spadku ilości nawozów mineralnych w otoczeniu, jezioro nadal zagrożone jest eutrofizacją. Czynnikiem pogarszającym bytowanie wielu gatunków roślin i ptaków jest prawie całkowite zaprzestanie wypasu oraz koszenia łąk.
