Wiatrołuża na prawie całym biegu płynie w otoczeniu obszarów leśnych i miejscami wcina się głęboko w teren. Początkowy odcinek rzeki ma duży spadek - nurt tu jest dosyć szybki, rzeka silnie meandruje.
Koryto rzeki poprzegradzane jest licznymi tamami bobrowymi. O wyjątkowej wartości przyrodniczej doliny Wiatrołuży decydują głównie zespoły roślinne związane z zabagnionymi dolinami rzecznymi. W celu ochrony najcenniejszych fragmentów doliny, nad Wiatrołużą ustanowiono trzy obszary ochrony ścisłej.