Kościół św. Katarzyny Aleksandryjskiej i św. Małgorzaty w Krakowie jest jednym z najlepszych przykładów architektury gotyckiej w Polsce. Smukła i strzelista sylwetka świątyni, różnorodność form i detalu architektonicznego, wyróżniają ten zespół w europejskim budownictwie z czasów dojrzałego gotyku.
Powstanie tego zespołu klasztornego w mieście Kazimierz (obecnie część Krakowa) związane jest ze sprowadzeniem przez Kazimierza Wielkiego z Pragi augustianów. Król chciał, aby założone przez niego nowe miasto Kazimierz prócz kościoła parafialnego pw. Bożego Ciała posiadało nowy kościół, równie piękny, jak świątynie sąsiedniego wówczas Krakowa.
W 1443 wskutek trzęsienia ziemi runęło sklepienie nawy – odbudowywano je do 1505. Na rok 1448 datuje się ukończenie budowy nawy południowej i kruchty, której inicjatorami byli ród Lanckorońskich oraz biskup Zbigniew Oleśnicki. Z XV stulecia pochodzi wolnostojąca dzwonnica. Jest to kościół trójnawowy, bazylikowy, bezwieżowy, bez transeptu.
Kościół nigdy nie został ukończony – według pierwotnego planu nawa główna miała być dłuższa o jedno przęsło, czyli o ok.12 metrów; do fasady miały natomiast przylegać dwie wieże. Ściana obecnie zamykająca nawę miała być tylko prowizoryczna, jednak zaplanowanej fasady nigdy nie zbudowano. Prostymi blendami szczyt fasady ozdobiono dopiero w XVII wieku, gdy było już jasne, że budowa nie zostanie doprowadzona do końca.
Choć w Polsce trzęsienia ziemi są rzadkością kościół św. Katarzyny został uszkodzony, aż dwukrotnie.
Do kościoła przylegają dwa z pięciu znajdujących się w Krakowie gotyckich pomieszczeń wspartych na jednym, środkowym filarze. Są to zakrystia i kaplica św. Moniki.