Do Kołbacza cystersi przybyli na zaproszenie Warcisława II Świętoborzyca z książęcego rodu Gryfitów w 1173 roku z Esrum, na północy duńskiej wyspy Zelandia, z klasztoru filialnego opactwa Clairvaux.
Budowę świątyni, pierwotnie trójnawowej, rozpoczęto w 1210, jeszcze w stylu późnoromańskim, a ukończono po ponad 130 latach, w 1347 w stylu gotyckim.
Cystersi kołbaccy trudnili się przede wszystkim rolnictwem i hodowlą. Zajmowali się również młynarstwem i rzemiosłem. W dobrach zakonnych prosperowały młyny wodne i wiatraki, warsztaty szewskie, garbarskie, siodlarskie, tkackie, sukiennicze, kowalskie. Nie mniejszą popularność zdobyły zakonne browary, winiarnie, cegielnie. Na dwór książęcy dostarczali też nabiał, warzywa i owoce.
W roku 1534 kiedy na Pomorzu Zachodnim wprowadzono reformację w klasztorze żyło 12 braci i 11 konwersów. Wielu z nich przeszło na luteranizm, w Kołbaczu zaś podobnie jak w innych klasztorach Pomorza Zachodniego i Nowej Marchii utworzono domenę książęcą.
Zmiana funkcji obiektów klasztornych pociągnęła za sobą konieczność dokonania adaptacji i przebudowy. W czasie panowania pruskiego Kołbacz stał się jedną z największych domen pruskich. Dawne zabudowania klasztorne i sakralne ulegały jednak stopniowej dewastacji.