Od śmierci Tadeusza Kościuszki w 1817 r. narastał jego kult jako bohatera narodowego. Szczególną estymą cieszył się on w Krakowie, mieście, z którym był związany i w którym spoczęły jego zwłoki. Opinia publiczna domagała się wzniesienia monumentu upamiętniającego Naczelnika. Zdecydowano usypać kopiec na kształt istniejących w Krakowie od prawieków kopców Krakusa i Wandy.
Uroczyste rozpoczęcie sypania kopca 15 września 1820 r. stało się wielkim wydarzeniem, przyciągnęło wielu Polaków, także spoza granic Rzeczypospolitej Krakowskiej: weteranów powstań, chłopów, młodzieży. W trakcie trwającej trzy lata budowy znaczną część prac wykonali ochotnicy, symboliczny chociażby udział w sypaniu stał się patriotycznym obowiązkiem, brali w nim udział nawet cudzoziemcy odwiedzający miasto. Ostatecznie, mimo problemów technicznych i finansowych, budowę zakończono 25 października 1823 r. Usypany kopiec miał 80 m średnicy podstawy, 8,5 m średnicy u wierzchołka i wysokość 34,1 m, zaś jego objętość obliczono na ok. 64 100 m³.
Planowano wznieść wokół kopca osadę dla rodzin chłopskich, które brały udział w insurekcji kościuszkowskiej, ostatecznie jednak musiano zrezygnować z tego pomysłu. Kościuszkowska osada rolna miała składać się z czterech gospodarstw chłopskich. Realizując ten plan, nabyto od klasztoru norbertanek 40 mórg ziemi (część terenu darowana została bezpłatnie) i przystąpiono do zakładania pierwszego gospodarstwa. W 1836 r. zamieszkał w nim Kalikst Waligórski, syn kościuszkowskiego żołnierza.
Na przeszkodzie pełnej realizacji zamierzenia stanęli jednak Austriacy, którzy w ramach ogólnego fortyfikowania Krakowa zajęli w latach 1850–1856 całe wzgórze i wznieśli wokół kopca silne umocnienia. Działania zmierzające do przekształcenia Krakowa w twierdzę nie ominęły kopca Kościuszki. W 1850 r. jego teren z najbliższym otoczeniem został przejęty przez władze wojskowe, które postanowiły otoczyć Kraków pierścieniem fortyfikacji. Wokół kopca zbudowano fort cytadelowy 2 „Kościuszko”. Jego budowę zakończono w 1854 r. Wyrażono jednak zgodę na swobodny dostęp do kopca od wschodu do zachodu słońca. W 1860 r. na szczycie umieszczono granitowy głaz z napisem: „Kościuszce”.
Podczas I wojny światowej Austriacy usunęli kamień pamiątkowy i urządzili na szczycie kopca punkt obserwacyjny. Po odzyskaniu niepodległości budowla stała się znów dużą atrakcją i osobliwością Krakowa, celem wycieczek. Hitlerowscy okupanci planowali zniwelowanie kopca Kościuszki jako symbolu polskości. Podczas zajmowania Krakowa kopiec był punktem obserwacyjnym i siedzibą dowództwa wojsk sowieckich.
Po II wojnie światowej przystąpiono do niszczenia poaustriackiego fortu, motywując to potrzebą pozyskania materiałów budowlanych, jak i zatarcia śladów obecności zaborcy. Prace rozbiórkowe trwały do 1957 r. (zdołano wyburzyć zachodnią część fortu), jednak wskutek protestów miłośników zabytków i specjalistów, jak również nieopłacalności całego przedsięwzięcia, zrezygnowano z tych działań. Pojawiły się różne koncepcje zagospodarowania terenu. W 1977 r. w odrestaurowanej części fortu uruchomiono hotel, na początku lat 90. XX wieku fort stał się również siedzibą radia RMF FM, a także sieci związanych z tym radiem, czyli RMF Classic, RMF Maxxx.
Na skutek potężnych ulew w 1997 r. kopiec uległ poważnemu uszkodzeniu. Koszt odnowienia kopca wyniósł 14,7 mln zł. Kopiec udostępniono z powrotem zwiedzającym 10 listopada 2002 roku.