Rozkaz stwierdzał m.in.:
Wobec wkraczającej na ziemie nasze regularnej armii rosyjskiej wystąpić w roli gospodarza. Należy dążyć do tego, aby naprzeciw wkraczającym oddziałom sowieckim wyszedł polski dowódca mający za sobą bój z Niemcami i wskutek tego najlepsze prawo gospodarza. Miejscowy dowódca polski winien się zgłosić wraz z mającym się ujawnić przedstawicielem cywilnej władzy administracyjnej u dowódcy oddziałów sowieckich i stosować się do jego życzeń.
Władze podziemne chciały skłonić Rosjan do uznania władzy rządu na emigracji oraz wschodniej granicy Polski sprzed 1939 roku, a także dążyły do wyłączenia Rzeczpospolitej spod sowieckiej strefy wpływów.
Doświadczenia z walk na Wileńszczyźnie pokazywały, że strona sowiecka nie zamierza uznawać polskiej niezależności. Nawet wspólna walka z wojskami niemieckimi nie przeszkadzała później Sowietom w aresztowaniach przedstawicieli cywilnych władz państwa polskiego oraz dowódców AK i ich żołnierzy lub wcielaniu ich do armii Berlinga.
Oficjalnie akcja „Burza” rozpoczęła się 15 stycznia 1944 roku na Wołyniu walkami 27. Wołyńskiej Dywizji Piechoty AK z Niemcami. Akcja objęła tereny praktycznie całej II Rzeczpospolitej. Sowieci, chociaż chętnie przyjmowali pomoc AK w walkach z Niemcami, po ich pomyślnym zakończeniu aresztowali, rozbrajali, a często nawet rozstrzeliwali mniejsze oddziały polskie. Aresztowanych żołnierzy przymusowo wcielano do armii Berlinga lub wywożono do obozów w głąb Rosji.
Rozkaz kończący „Burzę” wydał 26 października 1944 roku komendant główny AK gen. Leopold Okulicki ps. Niedźwiadek. Wzięło w niej udział ponad 100 tys. żołnierzy. Ok. 20-30 tys. osób zostało wywiezionych w głąb ZSRS, z czego większość nigdy nie wróciła do kraju. Rosjanie uwięzili ok. 50 tys. żołnierzy AK uczestniczących w akcji, głównie za odmowę wstąpienia do armii Berlinga. Reperkusje akcji odczuła także ludność cywilna, zwłaszcza na dawnych ziemiach wschodnich Rzeczpospolitej. Miały miejsce liczne pacyfikacje polskich wsi i miasteczek, deportacje Polaków w głąb Rosji oraz grabież polskich dóbr kultury.