Ustawa ta obowiązywała od 1 września 2016 r., ale w połowie września tego roku Komisja Europejska wszczęła postępowanie w jego sprawie i wezwała Polskę do zawieszenia jego stosowania. Zdaniem Brukseli, jego konstrukcja mogła faworyzować mniejsze sklepy, co mogło być uznane za pomoc publiczną.
Po tej decyzji resort finansów zawiesił pobór podatku od handlu detalicznego, a w listopadzie 2016 r. Sejm przyjął przygotowaną przez rząd ustawę, zakładającą zawieszenie obowiązywania podatku od sprzedaży detalicznej do 1 stycznia 2018 r.
Jak tłumaczyli wtedy przedstawiciele rządu, przygotowując tamten projekt, rząd liczył, że w ciągu 2017 r. Komisja Europejska rozstrzygnie sprawę na korzyść Polski. Tym bardziej, że w końcu listopada 2016 r. złożył skargę na decyzję Komisji.
Eurokomisarze jednak 30 czerwca 2017 r. wydali decyzję ostateczną, uznając, że polski podatek od sprzedaży detalicznej narusza unijne zasady pomocy publicznej. Stwierdziła, że dzięki progresywnym stawkom mniejsze sklepy będą miały przewagę nad konkurentami.
Rząd polski nie zgodził się z tym werdyktem i we wrześniu 2017 r. złożył skargę do Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej na decyzję Komisji.
Trybunał Sprawiedliwości UE dotąd nie rozstrzygnął sporu. Rząd przedłożył więc kolejny projekt, przedłużający zawieszenie tego podatku do końca 2019 r. Poprzednia analogiczna ustawa zawieszała obowiązywanie podatku handlowego do końca 2018 r.
Ustawa o podatku od sprzedaży detalicznej wprowadzała dwie stawki podatku od handlu: 0,8 proc. od przychodu między 17 mln a 170 mln zł miesięcznie i 1,4 proc. od przychodu powyżej 170 mln zł miesięcznie. Kwotę wolną od podatku ustalono w skali roku w wysokości 204 mln zł.