Po zaprzysiężeniu Angeli Merkel na stanowisko kanclerza Hanning objął 1 grudnia 2005 r. stanowisko sekretarza stanu w Federalnym Ministerstwie Spraw Wewnętrznych, gdzie odpowiadał za sprawy policyjne, kwestie dotyczące policji federalnej, bezpieczeństwo wewnętrzne, migrację, integrację, uchodźców, harmonizację europejską, zarządzanie kryzysowe oraz łączność radiową w zakresie bezpieczeństwa publicznego. Pełnił tę funkcję do 2009 r.
Jak podaje Bild, śledczy zarzucają Hanningowi szpiegostwo, zdradę stanu i uzyskanie tajnych informacji dla obcego państwa. Hanning miał kupić tajne informacje od byłego pracownika zagranicznego wywiadu BND i zamierzał je odsprzedać w ramach swojej działalności konsultingowej.
Hanning w sierpniu 2024 oskarżał Polskę o współpracę z Ukrainą w wysadzeniu gazociągów Nord Stream, do czego doszło jesienią 2022 roku.
Między Zełenskim a Dudą istniały porozumienia w sprawie przeprowadzenia ataku [...] Spekulowaliśmy, kto mógłby mieć interes w wysadzeniu gazociągów oraz kto mógłby mieć umiejętności, aby przeprowadzić takie ataki. I właściwie jest dość jasne, że na pierwszy plan wysuwają się Ukraina i Polska
– twierdził były szef BND w wywiadzie dla "Die Welt".
Oprócz Hanninga zatrzymano również jego byłego bliskiego współpracownika.
