Po zakończeniu rządów Duartego wszczęto śledztwo. Okazało się, że mężczyzna jest zamieszany w wojny narkotykowe w Meksyku.
„Lek”, który był podawany chorym dzieciom został przebadany. Wyszło na jaw, że to woda destylowana. Javier Duarte podawał dzieciom fałszywy lek, a sam brał pieniądze za ich leczenie.
Polityk uciekł po próbie zatuszowania malwersacji finansowych. Media podają, że zdefraudował 1,6 biliona funtów (to niemal 8,1 biliona złotych).