Władimir Szamanow „wsławił się” podczas działań w Czeczenii, gdzie w czasie pierwszej wojny w 1995 r. dowodził zgrupowaniem wojsk federalnych. Podczas drugiej wojny czeczeńskiej działania Szamanowa dowodzącego zachodnią grupą wojsk spotykały się z krytyką nie tylko ze strony obrońców praw człowieka, ale nawet ze strony części oficerów sztabu generalnego.
Generał Gienadij Troszew wskazywał, że Szamanow prowadził operacje bojowe w sposób, który powodował nadmierne straty wśród żołnierzy. Z kolei doradca prezydenta Rosji Asłanbek Asłachanow nazwał Szamanowa „rzeźnikiem” i „przekleństwem narodu czeczeńskiego”.
- Nie ulega wątpliwości, że jego podwładni dopuszczali się zbrodni wojennych. Uważam, że niezależne śledztwo pozwoliłoby udowodnić, że czynili to na rozkaz Szamanowa i że on sam jest za te zbrodnie odpowiedzialny – twierdzi dyrektor moskiewskiego oddziału stowarzyszenia „Memoriał” Oleg Orłow. Jedną z potwierdzonych zbrodni miała być masakra w Ałchan Jurcie.
Według Human Rights Watch Szamanow miał w grudniu 1999 r. wydać rozkaz zamordowania co najmniej 17 cywilnych mieszkańców tej wioski, a jego wojska dopuściły się rabunków i gwałtów. Szamanow wspierał oskarżanego o zbrodnie wojenne płk. Jurija Budanowa. Bronił go m.in. podczas procesu, w którego wyniku Budanow został skazany za zgwałcenie i zamordowanie młodej Czeczenki.
W 2009 r. w „Nowoj Gazietie” opublikowano zapis rozmowy telefonicznej, podczas której Szamanow wydał swojemu podwładnemu rozkaz, by wysłał oddział specnazu w celu uniemożliwienia przeszukania, które organa śledcze miały przeprowadzić w firmie jego zięcia.
Powiązany ze światem przestępczym zięć Szamanowa został później skazany na 10 lat więzienia, natomiast prowadzone przeciw generałowi postępowanie w sprawie użycia specnazu do uniemożliwiania czynności śledczych umorzono.
