Czerczesow prowadził drużynę narodową od 2016 roku. Rozpoczął pracę z nią niedługo po odejściu z Legii Warszawa, z którą w sezonie 2015/16 wywalczył mistrzostwo i Puchar Polski.
Pod wodzą Czerczesowa Rosja dotarła do ćwierćfinału mundialu w 2018 roku, którego była gospodarzem.