Prof. Andrzej Friszke w lutym 2008 r. na łamach „Gazety Wyborczej” krytykował książkę „Strach” Tomasza Grossa za „kreślenie zbyt czarnego obrazu polskiego antysemityzmu”. Zaznaczając, że „nie jest to obraz odległy od prawdy”, stwierdził jednocześnie, że „Gross mówi często twardo i niesprawiedliwie”.
To zdaniem historyka „ułatwia polaryzację, do której chcą doprowadzić narodowi rewolucjoniści”. Po ośmiu latach wiceprzewodniczący Rady IPN wycofuje się ze swoich uwag. 11 lutego tego roku razem z kilkoma dziennikarzami „Wyborczej” napisał list w obronie Grossa, który ukazał się po tym, jak prezydent Andrzej Duda poprosił MSZ o opinię ws. odebrania Grossowi Krzyża Kawalerskiego Orderu Zasługi RP. O odebranie tego odznaczenia apelowało do prezydenta Andrzeja Dudy kilka środowisk po kłamstwach na temat polskiej historii, jakie Gross rozpowszechniał w zachodnich mediach.
Przykłady można mnożyć. W artykule dla „Die Welt” Gross pisał m.in., że Polacy są narodem antysemickim, który „podczas wojny zabił więcej Żydów niż Niemców”.
„Jan Tomasz Gross położył historyczne zasługi w zainicjowaniu debaty na temat polskiej przeszłości. Jesteśmy mu winni za to nie tylko wdzięczność, ale i szacunek” – brzmi fragment listu podpisanego przez prof. Friszke. „Odebranie mu orderu byłoby sygnałem zagrożenia wolności badań naukowych i politycznego reglamentowania wolności słowa” – dodają sygnatariusze listu.
Zupełnie inne standardy stosuje prof. Friszke wobec publikowania opracowań naukowych, szczególnie tych wydawanych przez nadzorowany przez niego od 2011 r. Instytut Pamięci Narodowej. Z informacji, do których dotarła „Codzienna”, wynika, że w styczniu 2013 r. osobiście interweniował u kierownictwa IPN-u w sprawie zatrzymania druku serii publikacji Instytutu „Mała Czarna” na temat najnowszej historii Polski, zainicjowanej przez Janusza Kurtykę. Publikacje z tej serii opisywały m.in. różne przejawy kolaboracji aparatu partyjnego PRL-u, bezpieki i oficerów Ludowego Wojska Polskiego z sowieckim reżimem, a także historię polskiego oporu wobec komunizmu.