Za drzwiami laboratorium. Jak przebiegają badania na obecność SARS-CoV-2?
Droga od pobrania materiału biologicznego do wydania wyniku trwa od kilku do kilkunastu godzin. Wszystko zależy od tego jak długą drogę musi pokonać próbka, by do laboratorium trafić i do kogo należy. Tu priorytetem są pacjenci szpitali, których stan wymaga natychmiastowej pomocy i odpowiedzi na pytanie, czy za obserwowane objawy odpowiada SARS-CoV-2.
Badania na obecność SARS-CoV-2 są podstawowym narzędziem, stosowanym w walce z pandemią koronawirusa. Pozwalają odpowiednio wcześnie zidentyfikować nosiciela wirusa, co umożliwia na odizolowanie go od innych osób i przerwanie łańcucha zakażeń.
W szczycie pandemii Laboratorium Genetyczne Gyncentrum wydawało nawet 12 tys. wyników na dobę. Nad tym, by każdy z nich był prawidłowy, czuwa sztab specjalistów. Praca w laboratorium trwa całą dobę. Specjalnie zabezpieczone próbki trafiają tu z całego województwa śląskiego i z województw ościennych. To materiał pobrany w punktach wymazowych, szpitalach i przez mobilne zespoły, które dojeżdżają do pacjentów, którzy z różnych względów nie mogą sami dotrzeć do punktu pobrań. Aby pobrany materiał nadawał się do dalszej diagnostyki, musi trafić do laboratorium najpóźniej 24 godziny po pobraniu, być odpowiednio zabezpieczony i transportowany w lodówce.
Po dotarciu do laboratorium każda próbka jest rejestrowana. Gyncentrum opracowało własny, autorski program śledzenia próbek, dzięki czemu w każdej chwili można podejrzeć, gdzie jest próbka i co się z nią dzieje. Po zarejestrowaniu zabezpieczony materiał trafia do śluzy, skąd jest odbierany przez pracowników tzw. strefy czerwonej. To właśnie tam ubrani w kombinezony, maseczki i rękawiczki pracownicy laboratorium rozpoczynają cały proces diagnostyczny. Pierwszy etap to sprawdzenie, czy otrzymana próbka została odpowiednio pobrana, opisana a transport odbył się w odpowiedniej temperaturze.
Wymazówka znajduje się w probówce, wypełnionej odpowiednią ilością cieczy, najczęściej soli fizjologicznej lub specjalnego medium stabilizującego materiał genetyczny wirusa. Nieprawidłowo pobrany materiał to np. materiał pobrany „na sucho” czyli niezawierający tej cieczy, lub odwrotnie - jeśli cieczy jest za dużo i mogło dojść do tak dużego rozcieńczenia zawartości wirusa w próbce, że istnieje obawa, iż wynik będzie fałszywie negatywny. W takich sytuacjach informujemy placówkę, że materiał został nieprawidłowo pobrany i prosimy o powtórzenie procedury
– tłumaczy Adam Pudełko diagnosta laboratoryjny Gyncentrum.
Jeśli wstępna ocena próbki nie budzi zastrzeżeń, materiał trafia do izolacji. To miejsce, w którym następuje ekstrakcja wirusa, czyli wyselekcjonowanie jego materiału genetycznego z próbki. Trzeba pozbyć się wszystkich zanieczyszczeń, m.in. białek czy fragmentów komórek gospodarza.
Posiadamy wysokoprzepustowe urządzenia, które pozwalają nam na wyizolowanie w jednym cyklu pracy próbki 92, a nawet 184 pacjentów. Przy tak dużych zestawach próbek musimy zadbać o kontrolę jakości wyników, dlatego mamy kontrolę negatywną i pozytywną procesu izolacji. Kontrola negatywna mówi nam o tym, że odczynniki użyte do izolacji były wolne od zanieczyszczeń. Z kolei kontrola pozytywna, czyli taka, dla której wynik zawsze powinien być dodatni, potwierdza, że proces przebiegł prawidłowo. To daje nam pewność, że wydane wyniki są zgodne ze stanem faktycznym
– mówi Anna Strychalska, diagnosta laboratoryjny Gyncentrum.
Wyizolowany materiał genetyczny trafia do kolejnego etapu badania. Pracownicy Gyncentrum przeprowadzają reakcję łańcuchowej polimerazy w czasie rzeczywistym (real-time PCR). W tym celu, wyizolowane RNA jest mieszane z odczynnikami, które pozwolą na przeprowadzenie reakcji PCR. Próbki trafiają do termocyklera. Następuje amplifikacja, czyli kolejne cykle powielania materiału genetycznego. Wynik reakcji pozwala na określenie czy w próbce znajduje się kwas nukleinowy SARS-CoV-2.
Wynik może być dodatni - jeśli stwierdzimy obecność wirusa, negatywny - w przypadku braku materiału genetycznego SARS-CoV-2, niediagnostyczny – w przypadku źle pobranej próbki lub nierozstrzygający – tak zdarza się najczęściej w przypadku pacjentów na samym początku lub końcu infekcji, kiedy zawartość wirusa w badanym materiale jest niska. Wtedy pacjent powinien poddać się badaniu ponownie
- wyjaśnia Adam Pudełko.
Naukowcy Gyncentrum są w stanie sprawdzić nie tylko, czy dana próbka zawiera wirus SARS-CoV-2, ale także odpowiedzieć na pytanie, jakim wariantem zakażona jest dana osoba. To ważne, ponieważ dzięki stałemu monitorowaniu pojawiających się zmian w sekwencji można lepiej zapobiegać rozprzestrzenianiu się wirusa i identyfikować ogniska nowych mutacji. Już w tej chwili Gyncentrum ma możliwość sprawdzania wariantów w 4 tys. próbek tygodniowo.
Źródło: niezalezna.pl, materiał partnera
