W XVII w. wieś została spustoszona w czasie walk powstań kuruców oraz licznych powodzi. W okresie międzywojennym pracowały tu tartaki kuźne i folusze.
Okolice Wiśniowej i sąsiednich wsi (Lipnik, Zasań, Glichów) były we wrześniu 1944 r. terenem walk oddziałów partyzanckich z Niemcami. 17–18 września okupant niemiecki dokonał pacyfikacji Wiśniowej, w której zamordowano 76 osób (w tym ok. 17 dzieci w wieku od 1 do 9 lat).
W listopadzie i grudniu 1944 r., miejscowa ludność ocalała z masakry, była zmuszana do kopania okopów w pobliskim Szczyrzycu i dodatkowych dostaw zboża i ziemniaków (poza obowiązkowymi kontyngentami) dla wojska niemieckiego.
W pobliżu Wiśniowej, na szczycie Lubomiru znajduje się Obserwatorium Astronomiczne im. Tadeusza Banachiewicza na Lubomirze. W pierwszym obserwatorium, które działało na Lubomirze w latach 1922-1944 odkryte były dwie komety. Obie komety zostały upamiętnione w herbie Wiśniowej.
Zabytki: drewniany kościół św. Marcina z 1730 r. posiada wyposażenie wnętrza z XVII i XVIII w.; synagoga; cmentarze z okresu I wojny światowej nr 373 i 374; dom nr 17.