Budynek został zniszczony poprzez bombardowanie w czasie II wojny światowej. Ruiny pałacu wraz z działką po zakończeniu II wojny światowej zakupiła staraniem kardynała Adama Stefana Sapiehy Archidiecezja Krakowska.
Pałac został przez władze kościelne wiernie odbudowany. Po odbudowie początkowo mieściło się w nim niższe seminarium duchowne a następnie stał się on drugim budynkiem Wyższego Seminarium Duchownego Archidiecezji Krakowskiej.