Obecnie pełni funkcję greckokatolickiej cerkwi parafialnej oraz kościoła filialnego parafii rzymskokatolickiej w Sękowej. Cerkiew znajduje się na szlaku architektury drewnianej województwa małopolskiego.
Świątynia w Owczarach została wzniesiona w 1653. W 1710 dobudowano zakrystię. W 1783 dobudowano wieżę. Tradycyjny podział budynku na 3 części (babiniec, nawę i prezbiterium) zachował się do 1870 roku, wtedy poszerzono przedsionek z babińcem do szerokości nawy głównej. Obecny kształt orientowanej cerkwi jest wynikiem licznych modyfikacji pierwotnej bryły.
Obecnie prezbiterium jest najmniejsze i kontrastuje z obszerną nawą. Z zewnątrz ściany zabezpieczone są gontem, a w dolnych partiach deskowane. Wewnątrz w oczy rzuca się od razu kamienna posadzka ułożona z płytek.
Ikonostas w większości prawdopodobnie jest dziełem Jana Medyckiego i pochodzi z 1712 roku. W podniebiu kopuł umieszczono symbolizującą Ducha Świętego Gołębicę oraz czterech cherubinów. W 1938 wykonano we wnętrzu polichromię.
W latach 1983-1985 dokonano gruntownego remontu całości, w tym przywrócono pokrycie dachu gontem. Renowację tę Ministerstwo Kultury i Sztuki nagrodziło specjalnym wyróżnieniem. W 1995 cerkiew otrzymała nagrodę Prix Europa Nostra dla najlepiej utrzymanego obiektu zabytkowego.
Teren cerkwi otoczony jest murem z kamienia łamanego z wejściami: od strony południowej w formie murowanej bramki i od zachodu przez zbudowaną z cegły masywną dzwonnicę bramną. Jest to budowla z około połowy XIX w., dwukondygnacyjna o tynkowanych i bielonych ścianach, nakryta blaszanym dachem namiotowym z baniastym hełmem zwieńczonym krzyżem.