W pamięci widzów Morgenstern najbardziej chyba zapisał się jako reżyser kultowych dziś seriali telewizyjnych - "Kolumbowie" (1970) na podstawie powieści Romana Bratnego, "Polskie drogi" (1976) według scenariusza Jerzego Janickiego i "Stawka większa niż życie" (1967), której zrealizował 9 odcinków (drugie 9 - Andrzej Konic).
W cyklu "Święta polskie" wyreżyserował "Żółty szalik" (2000) według scenariusza Jerzego Pilcha - film o bezradności wobec nałogowego alkoholizmu.
Wyreżyserował w sumie 13 filmów fabularnych - prócz już wymienionych są to: "Jutro premiera" (1962), "Dwa żebra Adama" (1963), "Potem nastąpi cisza" (1965), "Jowita" (1967), "Dama pikowa" (1972), "Godzina +W+" (1979), "Mniejsze niebo" (1980), "Biały smok" (1986) i "Mniejsze zło" (2009).
Przez 33 lata był kierownikiem artystycznym Studia Filmowego "Perspektywa", w którym powstały takie filmy jak m.in. "Miś" (1980), "Dolina Issy" (1982), "Siekierezada" i "Jezioro Bodeńskie" (1985) oraz "Korczak" (1990).
W 2010 r. Morgenstern wystąpił w filmie "Uwikłanie" w reżyserii Jacka Bromskiego, na podstawie powieści Zygmunta Miłoszewskiego, w roli ojca głównej bohaterki, prokurator Agaty Szackiej.
Jako producent otrzymał m.in. Złote Lwy na Festiwalu Polskich Filmów Fabularnych w Gdyni (2005) za film "Komornik" w reżyserii Feliksa Falka.
"Kiedyś, jak już był chory, bardzo słaby, powiedział, że strasznie się martwi o mnie, jak go nie będzie. +Dlatego musisz być zawsze+ – odpowiedziałam mu wtedy. +Bo jak nie będzie ciebie, to kto się będzie mną opiekował?!+ A on na to: +Ja+. I mam wrażenie, że rzeczywiście tak jest. Że on się mną opiekuje" - napisała w książce "Nasz film. Sceny z życia z Kubą. Wspomnienia" (2017) Krystyna Cierniak-Morgenstern.
"Był opiekunem mojego roku i dobrze nam było pod kuratelą Morgensterna" - powiedział w audycji "Janusz Morgenstern. Pożegnanie" Janusz Zaorski, który po studiach w łódzkiej filmówce został asystentem reżysera przy "Kolumbach".
Od 2012 r. Morgenstern jest patronem nagrody "Perspektywa", przyznawanej za najbardziej obiecujący debiut fabularny
