Świątynię zamknięto w październiku 2018 r. w obawie przed katastrofą budowlaną. Decyzję podjęto po tym, jak zaobserwowano tam liczne, szybko postępujące spękania sklepień i ścian oraz miejscowe zapadanie się posadzki w nawie południowej. W ratowanie kościoła św. Mikołaja zaangażowało się szereg instytucji, samorządy, konserwatorzy, architekci, inżynierowie, wierni. Po 21 miesiącach walki, konstrukcję zabytku udało się wzmocnić na tyle, że możliwe było jego częściowe otwarcie. Do użytku oddana została nawa główna, nawa północna i prezbiterium.
W poniedziałek bazylikę św. Mikołaja odwiedził wicepremier, minister kultury i dziedzictwa narodowego prof. Piotr Gliński. Po kościele oprowadził go o. Michał Osek - przeor gdańskiego klasztoru oo. dominikanów, sprawującego pieczę nad świątynią.
Jak poinformował o. Osek, poniesione do tej pory koszty związane z konserwacją kościoła wynoszą ok. 2,4 mln zł.
W ciągu 21 miesięcy nasz klasztor na prace konserwatorskie i wszystkie prace zabezpieczające świątynię otrzymał wsparcie w wysokości ponad 2 mln zł.
Pomocy finansowej udzieliło zakonnikom m.in. Ministerstwo Kultury i Dziedzictwa Narodowego, samorząd województwa pomorskiego, władze Gdańska oraz darczyńcy.
Jak wyjaśnił wicepremier Gliński, resort kultury przeznaczył na ratowanie zabytkowej świątyni około 1 mln zł.
Wszyscy staraliśmy się pomóc, bo to wezwanie, że kościół św. Mikołaja jest zagrożony było dramatyczne.
Remont kościoła wciąż trwa. Z użytku wyłączona jest nawa południowa. Stropy tej nawy podpierają drewniane rusztowania. Kontynuowane będę tam prace naprawcze przy sklepieniu i filarach. Dominikanie zakładają, że mogą one potrwać jeszcze 2,5 roku. Prowadzone są też prace konserwatorskie na fasadzie zachodniej bazyliki i w zakrystii. Odnawiany jest również ołtarz Przemienienia Pańskiego.
Obecny kościół św. Mikołaja został zbudowany po 1308 r., kiedy to - w czasie walk o Gdańsk - zniszczona została poprzednia świątynia pod tym wezwaniem. Konkretne daty nie są znane, ale szacuje się, że nowa świątynia mogła powstać w połowie XIV w. Jak przypomina gedanopedia.pl, wzniesiony w stylu gotyckim obiekt jest kościołem halowym, podzielonym ośmiokątnymi filarami na trzy sześcioprzęsłowe nawy. Kościół jest jedną z nielicznych średniowiecznych świątyń w Gdańsku, które niemal bez uszczerbku przetrwały walki, jakie toczyły się w mieście w 1945 roku. W jego wnętrzu zachowało się m.in. barokowe i rokokowe wyposażenie, w tym trzykondygnacyjny ołtarz główny z 1643 r. z obrazem przedstawiającym św. Mikołaja (autorstwa ucznia lub naśladowcy Hermana Hana) oraz ambona, chrzcielnica, konfesjonały i ławy.
