Prokuratura umorzyła wtedy śledztwo, uznając, że wyłączną przyczyną śmierci był nieszczęśliwy wypadek spowodowany przez samego studenta, który – najprawdopodobniej będąc w „poważnym stanie nietrzeźwości” – potknął się o nierówności posadzki. „To spowodowało nieamortyzowany rękami upadek, utratę przytomności, obrażenia i krwotok, w wyniku którego nastąpiło zachłyśnięcie się i uduszenie” – stwierdzono.
Przyjaciele i znajomi Pyjasa nigdy w taką wersję nie uwierzyli. Wiedzieli, że interesowała się nim SB. 15 maja założyli Studencki Komitet Solidarności, żądając ujawnienia winnych zbrodni.
Jeszcze kilkukrotnie podejmowano śledztwa w tej sprawie. Bezspornie wykazano jedynie, że w 1977 r. śledztwo było sterowane przez SB. Zarzuty utrudniania śledztwa przedstawiono sześciu osobom. Według prokuratury w wyniku ich działalności zaprzepaszczono szanse na ustalenie okoliczności śmierci Pyjasa. Cztery z nich zmarły w toku postępowania, dwóch oskarżonych zostało prawomocnie skazanych. Ustalono również, że autorami anonimów szkalujących Pyjasa, które otrzymały osoby z jego środowiska bezpośrednio przed jego zgonem, byli funkcjonariusze SB.
We wrześniu 2006 r. prezydent Lech Kaczyński odznaczył pośmiertnie Stanisława Pyjasa Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski.