W EQS-ie od niemieckiej marki motoryzacyjnej Mercedes nawet ciepło jest poddawane recyklingowi. Pozwala to oszczędzać energię, a tym samym zwiększa dostępny zasięg. Automatyczna klimatyzacja – dwu- lub czterostrefowa – korzysta z rozbudowanych czujników i inteligentnego sterowania obiegiem zamkniętym. Klimatyzacja postojowa nie tylko zapewnia przyjemna temperaturę w kabinie, ale jest też wyjątkowo efektywna. A opcjonalny filtr HEPA skutecznie „wyłapuje” wirusy, zanieczyszczenia oraz nieprzyjemne zapachy z powietrza, które trafia do wnętrza samochodu, i to nawet przy postępującym zużyciu. Poziom redukcji zanieczyszczeń jest porównywalny do tego w salach operacyjnych. Ponadto podróż EQS-em uprzyjemnia nowy, specjalnie skomponowany zapach z nutami figi i lnu, dostępny w ramach pakietu AIR-BALANCE.
Inteligentne zarządzanie temperaturą EQS obejmuje kilka obwodów. Pierwszy z nich – obwód chłodzenia zespołu napędowego – służy do chłodzenia napędu elektrycznego, przetwornicy DC/DC oraz komponentów ładowania. Zaawansowana koncepcja termiczna, zaprojektowana pod kątem znoszenia wysokich obciążeń i zapewnienia powtarzalnych wielokrotnych przyspieszeń bez utraty wydajności, obejmuje tzw. lancę wodną wałka wirnika silnika elektrycznego, specjalne żebrowanie stojana i igiełkową strukturę falownika. Efektywność przy niskich temperaturach podnosi chłodnica oleju przekładniowego – olej ten pochłania ciepło z nagrzewającego się zespołu napędowego i w konsekwencji pozwala ograniczyć tarcie.
Drugi obwód – odpowiadający za ogrzewanie kabiny – jest połączony z obwodem chłodzenia zespołu napędowego. Po włączeniu ogrzewania ciepło przepływa przez wymiennik ciepła ogrzewania (mały obieg grzewczy, grzałka elektryczna). Jeśli w zespole napędowym obecne jest ciepło resztkowe, układ przełącza się na duży obwód. Dopiero wtedy, gdy ilość jego ciepła nie jest wystarczająca, np. przy szczególnie niskich temperaturach powietrza, dodatkowe ciepło zapewnia wysokonapięciowa grzałka pomocnicza PTC. Efektywne wykorzystanie ciepła resztkowego sprawia, że w zakresie temperatur otoczenia powyżej 5°C dodatkowe ogrzewanie często nie jest w ogóle potrzebne.
Wysokonapięciowy akumulator dysponuje własnym obwodem chłodzącym, z osobną chłodnicą i agregatem chłodniczym (wymiennik ciepła pomiędzy obwodem chłodzenia a obiegiem chłodniczym). Podczas normalnej pracy, w trosce o wysoką trwałość akumulatora, jest on chłodzony płynem znacznie zimniejszym niż układ napędowy. W czasie upałów temperatura chłodziwa jest obniżana przez równolegle podłączony do chłodnicy agregat, wykorzystujący czynnik chłodniczy z układu klimatyzacji. Ten scenariusz jest jednak wykorzystywany przede wszystkim na postoju – w trakcie bardzo szybkiego ładowania. Z obwodem akumulatora połączono kolejną wysokonapięciową grzałkę pomocniczą PTC, której zadaniem jest albo rozgrzać akumulator do temperatury sprzyjającej pracy (w temperaturach poniżej -25°C), albo podgrzać go w celu ewentualnego szybkiego ładowania (w temperaturach poniżej 10°C).
Za chłodzenie kabiny odpowiada obieg czynnika chłodniczego z elektryczną sprężarką i parownikiem. Do rozpraszania ciepła wykorzystywany jest chłodzony powietrzem skraplacz zamontowany w module chłodzącym.
Czas odjazdu i pożądaną temperaturę w kabinie można z wyprzedzeniem ustawić za pośrednictwem Mercedes me – czyli również zdalnie, za pomocą aplikacji – lub za pomocą centralnego wyświetlacza w samochodzie. W idealnych warunkach wnętrze EQS-a jest ogrzewane lub chłodzone podczas ładowania, tak aby potrzebna do tego energia pochodziła z sieci i nie rzutowała na zasięg.
W trakcie ogrzewania kabiny przez klimatyzację postojową uruchamiana jest nie tylko wentylacja, ale także podgrzewanie foteli (w zależności od wyposażenia). Z kolei podczas postojowego chłodzenia wnętrza aktywowana może być wentylacja foteli (również w zależności od wyposażenia).
Indywidualny komfort termiczny podróżującym z przodu zapewnia standardowo montowany dwustrefowy układ klimatyzacji automatycznej THERMATIC. Kierowca i pasażer z przodu mogą osobno ustawiać temperaturę dla swojej strony i zapisywać ją w profilach użytkownika.