Zawieszenie programu "Czyste Powietrze" wywołało falę krytyki ze strony posłów Prawa i Sprawiedliwości, którzy obawiają się, że decyzja ta jest początkiem jego trwałej likwidacji. Według nich Polacy zostali pozostawieni bez wsparcia w kwestii termomodernizacji domów. Na konferencji prasowej w Sejmie przedstawiciele PiS zaapelowali do rządu o przywrócenie programu, wskazując na negatywne skutki jego wstrzymania.
Pod koniec listopada Narodowy Fundusz Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej (NFOŚiGW) ogłosił wstrzymanie przyjmowania nowych wniosków w ramach programu "Czyste Powietrze". Fundusz uzasadnił swoją decyzję koniecznością reformy i uszczelnienia systemu, co wymaga przerwy w jego funkcjonowaniu. Powrót programu w nowej formie zaplanowano na 31 marca 2025 roku.
Na decyzję tę zareagowali posłowie PiS, którzy podczas konferencji prasowej w Sejmie wyrazili swoje zaniepokojenie. Posłanka Anna Pieczarka zaapelowała do rządu o ponowne przemyślenie tej kwestii. - Zwracamy się z apelem do obecnie rządzących, żeby jeszcze tę kwestię przemyśleli, żeby koniecznie wrócić z programem "Czyste Powietrze", bo o to wnioskują, apelują nasi mieszkańcy – powiedziała Pieczarka.
Poseł Mariusz Krystian ocenił zawieszenie programu jako jego faktyczną likwidację. Podkreślił, że decyzja ta jest szkodliwa zarówno dla obywateli, jak i dla polskiej gospodarki. - Program "Czyste Powietrze" został wprowadzony po to, aby pomóc Polakom w transformacji energetycznej (...). Wstrzymanie realizacji wniosków tych, które były procedowane i nowych powoduje, że Polacy w kwestii termomodernizacji i dostosowania swoich budynków zostali pozostawieni sami sobie – argumentował Krystian.
Podczas konferencji politycy PiS postawili szereg pytań dotyczących powodów wstrzymania programu. Mariusz Krystian zapytał m.in., "czy prawdziwą przyczyną wstrzymania tego programu jest brak pieniędzy?", a także, "czy prawdą jest, że wstrzymanie realizacji programu było lobbowane przez prywatne firmy, które starają się zostać operatorami tego przedsięwzięcia". Poseł wyraził również obawy, że program po wznowieniu w 2025 roku będzie działał na mniej korzystnych warunkach.
Krystian odniósł się także do efektów kontroli prowadzonej przez NFOŚiGW, który kilka dni wcześniej poinformował o zgłoszeniu do prokuratury podejrzeń wobec kilku firm. Według Funduszu podejrzane umowy miały wartość około 600 mln zł. W odpowiedzi na te doniesienia poseł ocenił, że "te rzekome nieprawidłowości są na siłę szukane w umowach i w realizacji, by żądać od Polaków zwrotu środków za rzekomo niewłaściwą realizację umowy". Dodał, że obecny rząd, mając problemy finansowe, "szuka pieniędzy w prywatnych kieszeniach Polaków".
Mimo kontrowersji związanych z zawieszeniem programu, NFOŚiGW ogłosił, że 12 grudnia ruszy nabór wniosków w ramach specjalnej edycji "Czystego Powietrza" dla terenów dotkniętych powodzią. Program ma objąć cztery województwa: dolnośląskie, lubuskie, opolskie i śląskie, a na jego realizację przeznaczono 300 mln zł. Procedura wnioskowania ma być uproszczona i skrócona.
Program "Czyste Powietrze" jest największym projektem antysmogowym w Polsce. Właściciele domów jednorodzinnych mogą dzięki niemu uzyskać środki na wymianę nieekologicznych źródeł ciepła oraz poprawę efektywności energetycznej budynków, np. poprzez docieplenie.