Muzeum Etnograficzne założone w 1959 roku z inicjatywy Marii Znamierowskiej-Prüfferowej w Toruniu. Prezentuje wystawy stałe i czasowe z kolekcji zabytków liczącej ponad 65 tysięcy obiektów z całej Polski, udostępnia także trzy parki etnograficzne: skansen w centrum Torunia, Park Etnograficzny w Kaszczorku oraz Olenderski Park Etnograficzny w Wielkiej Nieszawce.
Muzeum otwarto 1 stycznia 1959 roku na siedzibę instytucji wybrano klasycystyczny arsenał artyleryjski z 1824 roku (jeden z elementów Twierdzy Toruń). W 1961 roku obok arsenału wybudowano nowoczesny pawilon połączony z arsenałem podziemnym przejściem. Nowy budynek muzealny pomieścił dużą Salę Rybacką, salę odczytowo - kinową oraz administrację Muzeum.
Największą atrakcją Muzeum jest Park Etnograficzny o powierzchni 1,7 ha, jedyny w Europie skansen usytuowany w centrum miasta. W 1968 roku otwarto w dzielnicy Kaszczorek Zagrodę Rybacko-Rolniczą. W maju 2018 roku Muzeum otworzyło swój nowy oddział – Olenderski Park Etnograficzny w Wielkiej Nieszawce.
Muzeum prowadzi również działalność edukacyjną, wydawniczą, organizuje koncerty muzyki tradycyjnej oraz kiermasze sztuki ludowej. Muzeum gromadzi zbiory i materiały dokumentacyjne z zakresu etnografii i etnologii oraz dziedzin pokrewnych, dotyczące: kultur tradycyjnych i ludowych polskich regionów etnograficznych, kultur mniejszości etnicznych i religijnych współegzystujących z kulturą polską w historycznych i obecnych granicach kraju, kultur polskich mniejszości za granicą, kultur popularnych i typu ludowego w Polsce.
Zbiory Muzeum obejmują wszystkie dziedziny życia i pogrupowane są w następujące działy:
Wystawy stałe: Tajemnice codzienności. Kultura ludowa i jej pogranicza od Kujaw do Bałtyku (1850-1950) – prezentuje życie codzienne ludzi zamieszkujących wsie i małe miasta regionów etnograficznych: Kujaw, ziemi chełmińskiej, Kaszub, Borów Tucholskich, Kociewia, Pałuk, ziemi dobrzyńskiej i Krajny. Salonik prof. Marii Znamierowskiej-Prüfferowej – wystawa poświęcona twórczyni muzeum. Zgromadzono tu przedmioty pochodzące z jej niewielkiego mieszkania, którego klimat starano się oddać na ekspozycji. Znalazły się tu meble, fortepian, księgozbiór, tkaniny, dokumenty, fotografie i obrazy (autorstwa m.in. Witkacego i Winifred Cooper).
Oprócz wystaw stałych władze Muzeum organizują również ekspozycje czasowe prezentujące różnorodne tematy z zakresu etnografii i antropologii.