Oprócz Witolda Pileckiego przed sądem stanęli: Maria Szelągowska, Tadeusz Płużański, Szymon Jamontt-Krzywicki, Maksymilian Kaucki, Jerzy Nowakowski, Witold Różycki i Makary Sieradzki. Na ten „jawny” proces wpuszczono za specjalnymi biletami część najbliższej rodziny oraz ludzi z resortu. Sądowemu składowi przewodniczył mgr ppłk Jan Hryckowian, a członkami składu byli: sędzia wojskowy mgr kpt. Józef Badecki, ławnik kpt. Stefan Nowacki i protokolant por. Ryszard Czarkowski. Oskarżycielem „Witolda” był wiceprokurator Naczelnej Prokuratury Wojska Polskiego mjr Czesław Łapiński. 

Łapiński oskarżył go o posiadanie broni, którą Pilecki po upadku powstania – podobnie jak większość powstańców – ukrył w skrytce i nie używał; o przygotowywania zamachów zbrojnych na prominentów reżimu; o posługiwanie się fałszywymi dokumentami wystawionymi na nazwisko Romana Jezierskiego. Podczas rozprawy prokurator nie dopuścił do przesłuchania świadków oskarżenia przebywających w większości w więzieniach oraz zrezygnował ze świadków obrony.

Proces miał dostarczyć materiału propagandowego na potwierdzenie tezy o szpiegowskiej działalności grupy „Witolda” i współpracy z Niemcami w czasie okupacji. Ponadto miał stać się środkiem sterroryzowania społeczeństwa i zniszczenie jego pragnień i działań ku niepodległości. Oskarżyciel żądał kary śmierci. Oskarżeni odrzucili zarzut szpiegostwa i uczestnictwa w działalności tego typu, podkreślali swoją postawę żołnierskiej służby w dobrej sprawie.

Lecz słabe niszczyć stworzonka-nieduże
Zabierać im życie, które im Bóg nie bierze
Tak robić potrafią przedewszystkim tchórze
Lecz nigdy nie robią tego rycerze.


Pisał niegdyś Pilecki w liście do syna, kiedy ten jako mały chłopiec dręczył motyle i żuczki…